Formà part de la capella reial de Felip II de Castella des del 1546 com a músic de tecla. Acompanyà el rei en diversos viatges per Europa. Tan sols es coneix una peça atribuïda a Juan de Cabezón i que fou recollida pel seu nebot, Hernando de Cabezón, en l’edició de les obres del pare d’aquest, Obras de música para tecla, arpa y vihuela de Antonio de Cabezón (Madrid, 1578). Es tracta d’un glosado a cinc veus sobre la cançó Pues a mí, desconsolado. Alguna altra peça anònima del recull podria ser igualment obra d’aquest autor. Antonio de Cabezón el nomenà hereu en el seu testament del 1564.