Pertanyent a una família benestant, el 1855 ingressà a l’Escola d’Orgue de Praga, on es graduà el 1858. Exercí de director de cor a les ciutats de Brussel·les, Amsterdam i París. Des del 1865 fins al 1877 dirigí la Societat Coral Hlahol a Praga, on succeí en el càrrec B. Smetana i conegué A. Dvorák, amb qui mantingué una estreta amistat durant tota la seva vida. Després d’una temporada com a director a Niça i a Lugano, retornà definitivament al seu país, on fou nomenat professor del Conservatori de Música de Praga (1894-97). Bendl deixà una abundant obra compositiva, tant escènica com vocal i instrumental, tota ella marcada pel nacionalisme, però, al mateix temps, oberta al llenguatge romàntic de l’època. Tanmateix, en les seves òperes es manifesta una expressivitat essencialment lírica, especialment a Lejla (1867). Gina (1884), en canvi, reflecteix la influència del verisme italià. La resta de les seves òperes, com ara Švanda dudák o Máti Mila, on s’observa la presència de melodies i temes bohemis, estan lligades al corrent nacionalista.