Fill de l’editor del diari "Le Figaro", visqué en un ambient familiar benestant. Realitzà estudis de dret, però, després d’assistir el 1886 a una representació del Tristany i Isolda a Bayreuth, es decidí per la música. S’inscriví al Conservatori de París i estudià amb Th. Dubois (harmonia) i J. Massenet (composició). Del 1888 al 1892 fou alumne privat de Vincent d’Indy. D’aquesta època són les seves primeres obres importants: Suite d’orchestre dans le style ancien (1888) i la Primera simfonia (1890). A partir del 1897 començà a patir una sordesa parcial que li accentuà un caràcter poc sociable. Els últims anys visqué retirat al petit poble de Baron. Durant la Primera Guerra Mundial, a l’agost del 1914, els alemanys ocuparen la localitat, i Magnard morí assassinat. La seva casa fou incendiada, per la qual cosa es perderen molts dels seus manuscrits. Entre les obres que se salvaren hi ha quatre simfonies, cançons, música de cambra i per a piano i tres òperes: Yolande (1892), Guercoeur (1904) i Bérénice (1909).