Fill il·legítim d’un sacerdot, el seu cognom autèntic era Dujardin, però ell mateix utilitzà l’apel·
lació ’de Orto’ en alguns autògrafs. Fou cantor a la capella papal de Roma entre el 1483 i el 1499. Gaudí del favor i de la protecció del papa Innocenci VIII i obtingué alguns beneficis eclesiàstics. El 1489 ocupà el càrrec de degà de la col·legiata de S. Gertrude a Nivelles. Tot i no residir permanentment a Nivelles, durant tota la vida mantingué una relació estreta amb la seva església i la seva comunitat. El 1505 entrà al servei de la cort borgonyona de Felip el Bell, a qui l’any següent acompanyà a la Península Ibèrica. El monarca el legitimà i li atorgà carta de noblesa. Després de la mort del seu protector (1506), entrà al servei del seu fill, el futur emperador Carles V, i fou actiu a la capella d’aquest almenys fins el 1518. Les seves obres més destacades han arribat gràcies a les edicions que en feu el venecià Ottaviano Petrucci. El 1505 publicà un volum amb cinc misses del compositor, titulat Misse de Orto. Així mateix, Petrucci n’inclogué onze cançons a quatre veus en la col·lecció Musices Odhecaton (Venècia, 1501-03) i una lamentació en el volum miscel·lani Lamentationum Jeremiae prophete liber I (Venècia, 1506).