Fill dels marquesos de Puerto Nuevo, feu el batxillerat al col·legi dels jesuïtes de Niça, on també estudià orgue, i més tard cursà la carrera de dret a Bolonya. Quan retornà a Catalunya, estudià amb Josep Barba, llavors mestre de capella a la parròquia de Santa Maria del Mar. Les obres de Melcior de Ferrer foren molt ben acollides a Catalunya; en destaca un Stabat Mater iniciat a Roma el 1843 i estrenat el 1848 per la Societat Filharmònica de Barcelona. Entre la seva producció, notablement àmplia, hi ha una Messa da Requiem editada a Milà, diversos salms, goigs i dues misses de glòria. Compongué l’òpera Guiditta, amb llibret de T. Solera i estrenada el 1855 a Girona, i la sarsuela Una broma pesada, a més d’obres per a cant i piano i peces de saló per a piano. El 1881 el papa Lleó XIII li concedí la baronia de Ferrer.