Les pràctiques musicals europees arribaren a l’illa amb retard, per comparació a altres països llatinoamericans. Tot i això, el 1605 es té la primera notícia d’un mestre de la capella de la catedral, Gonzalo de Silva, i, de final de segle, es coneix el Colegio de San Ambrosio, que inicià l’activitat de formació musical.
Al segle XVIII s’hi creà la capella musical de la Real y Pontificia Universidad de La Habana i, l’any 1776, s’hi inaugurà el Teatro Coliseo, preludi de la gran importància que havia de tenir la ciutat al segle següent, amb la difusió de l’òpera.
El segle XIX es caracteritzà per una gran activitat musical, amb la fundació de la Sociedad Filarmónica, de l’Academia de Santa Cecilia i del primer conservatori de la ciutat, el Conservatorio Nacional (1885). A més de l’òpera, també la dansa, en totes les seves versions de balls de saló, hi tingué una notable difusió. En aquesta època destacaren com a músics, dins del corrent nacionalista, Robredo Manuel Saumell (1817-1870), Ignacio Cervantes (1847-1905) i Eduardo Sánchez de Fuentes (1874-1944), autor de melodrames que incorporen elements musicals tradicionals.
Al principi del segle XX nasqueren les primeres institucions dedicades a la música de cambra, la Sociedad de Cuartetos de La Habana (1910) i la Sociedad de Música de Cámara (1921). L’any següent, es creà l’Orquesta Sinfónica, i el 1924 l’Orquesta Filarmónica. El 1918, naixia la Sociedad Pro Arte Música, que a les dècades següents tingué un paper notable en l’organització de concerts, sobretot al Teatro Auditorium, conegut més tard amb el nom d’Amadeo Roldán.
El 1942, Josep Ardèvol fundà el Grupo de Renovación Musical amb l’objectiu de promoure la música contemporània. També foren membres del grup Gisela Hernández, Edgardo Martín, Harold Gramatges, Argeliers León i Julián Orbón. A partir d’aquest moment, la història musical de la ciutat ha estat marcada pel desenvolupament de l’avantguarda musical -que gaudeix del suport estatal- en tots els diversos corrents, amb compositors destacats com ara Juan Blanco, Carlos Fariñas i Leo Brouwer.
El 1962 es creà l’Escuela Nacional de Arte, on s’estudia la música i altres disciplines artístiques, i el 1976 nasqué l’Instituto Superior de Arte, amb una facultat de música dedicada a l’ensenyament de tota classe d’instruments i de la musicologia. Al mateix institut hi ha el Laboratorio Nacional de Música Electroacústica y por Computadora, anteriorment anomenat Estudio Electroacústico (1977).
L’Havana és la seu de l’Orquesta Sinfónica Nacional de Cuba i d’institucions com el Museo Nacional de la Música, el Centro de Información y Documentación Musical Odilio Urfé i el Centro de Investigación y Desarrollo de la Música Cubana, promotor de festivals internacionals.