La presència de la universitat des del 1222 tingué una influència fonamental en la vida cultural de la ciutat, que un segle més tard era un nucli artístic capdavanter. El segle XIV fou l’època de l'ars nova italiana, amb Pàdua com a centre principal abans que Florència es consolidés com a plaça més representativa d’aquest estil musical. Destacaren especialment Marchetto da Padova, autor dels tractats sobre les noves formes de notació Lucidarium in arte Musicae Planae (1317-18) i Pomerium in arte Musicae Mensuratae (1321-26), i Bartolino da Padova, pels seus madrigals i balades polifòniques. La creació de la capella musical de la basílica de Sant Antoni el 1487 feu que, a partir de llavors, arribessin a la ciutat músics tan notables com Ludovico Balbi, Costanzo Porta i Giulio Belli, els quals, en les seves composicions polifòniques religioses, usaren instruments al costat de les veus humanes, en un estil proper als músics de la veïna Venècia.
La primera representació d’òpera tingué lloc l’any 1691 al Teatro dello Stallone, encara que anteriorment s’havien representat alguns intermedii. Durant el segle XVIII s’inauguraren uns quants teatres més, com el Teatro Obizzi i el Teatro Nuovo. Aquest darrer, que fou obert el 1751 i canvià el seu nom per Teatro Verdi el 1884, és el més important de la ciutat dedicat a representacions d’òpera i temporades de concerts. Paral·lelament, la música instrumental trobà el seu personatge més destacat en G. Tartini, que, durant els gairebé cinquanta anys de la seva permanència a Pàdua -des del 1721 fins a la seva mort, el 1770-, hi instituí una important escola de violí. En l’àmbit didàctic ha tingut un paper fonamental l’Istituto Musicale Padovano (1878) -amb Cesare Pollini com a primer director-, institució que més tard esdevingué el conservatori de la ciutat. Pel que fa a les formacions musicals, destaquen I Solisti Veneti (1959) i l’Orchestra da Camera di Padova e del Veneto (1966), que protagonitzen temporades regulars de concerts. També és notable l’activitat de l’Interensemble e Intermusica Associati, una orquestra que des del 1983 es dedica a la difusió de música del segle XX i és promotora del Computer Art Festival de Pàdua des del 1984.