Té l’origen en una vil·la romana i és esmentada per primera vegada en un document de l’any 927. Gairebé un segle després, el 1025, es consagrà l’església parroquial de Sant Joan Baptista, amb la presència del comte Gausfred II de Rosselló. Més tard l’església fou ampliada (1324), i esdevingué catedral a partir del 1602. El 1172, Perpinyà passà a les mans d’Alfons I de Catalunya i Aragó, i a la mort de Jaume I fou la capital del Regne de Mallorca (1276) i, com a tal, visqué el seu període de màxima esplendor política, econòmica i artística. El 1344, Pere el Cerimoniós assetjà i ocupà la ciutat. Posteriorment hi fundà la universitat (1379) i convertí Perpinyà en la segona capital del Principat. Durant el segle XVI fou assetjada diverses vegades pels francesos, fins que el 1564 Felip II n’ordenà l’emmurallament. El segle XVI, encara culturalment important, representà l’inici de la seva decadència política i econòmica, agreujada per les contínues epidèmies de pesta. Per la conferència de Madrid (1656) i el tractat dels Pirineus (1659), Perpinyà fou incorporada a la Corona francesa. A la segona meitat del segle XIX visqué un període de recobrament econòmic, gràcies al conreu de la vinya i també a l’arribada del ferrocarril (1859), que s’afegí a una recuperació cultural. Al principi del segle XX el creixement de la ciutat forçà l’enderrocament de les muralles, mentre s’iniciava el procés de descatalanització.
Poques són les notícies musicals que es conserven de Perpinyà. Durant l’Edat Mitjana, a més de les pràctiques musicals dutes a terme a les capelles de música de les principals esglésies de la ciutat, a la cort reial hi havia músics i joglars. El segle XV i sobretot el XVI no foren especialment brillants. No fou fins a la segona meitat del segle XIX que Perpinyà començà a experimentar un petit renaixement musical: es crearen conjunts instrumentals i associacions dedicades a l’organització de concerts i espectacles d’òpera, i es construí el Teatre Nou. El 1824 s’inaugurà l’orgue de l’església de Santa Maria de la Real i el 1870 es construí un segon orgue a la catedral. A la ciutat tingueren els seus tallers diversos constructors d’instruments, entre ells Andreu Toron, que exercí un paper fonamental en l’evolució de la tenora cap a la seva forma moderna. El creixement econòmic que Perpinyà experimentà durant el segle XX anà unit a un altre moment de creixement cultural. En aquesta situació tingué un paper fonamental la creació del Centre Universitari, a la fi dels anys cinquanta. També s’han multiplicat els esforços per recuperar i difondre les arrels catalanes. En particular ha estat molt actiu el Grup Rossellonès d’Estudis Catalans, creat el 1960, que ha constituït durant un cert temps l’associació més activa pel que fa a la promoció de la cultura catalana. Ha estat l’origen de la Universitat Catalana d’Estiu. El Grup Cultural de la Joventut Catalana promogué la Nova Cançó a partir del primer recital de Raimon, el 1962. Un any més tard es creà al Castellet (segle XV) la Casa Pairal, Museu de les Arts i Tradicions Populars del Rosselló, amb una àmplia secció dedicada a la sardana.
En les últimes dècades del segle XX, Perpinyà ha estat seu de diversos festivals, com el Festival de Música Sacra (des del 1988), el Festival de Jazz (des del 1989), el Festival Avui Música de Perpinyà, creat el 1992 per promoure la música contemporània, i l’Estivals de Perpinyà, nascut el 1988, dedicat a les representacions teatrals, els concerts, la dansa i el ballet. El Conservatori Nacional de Música, a més de la tasca pròpiament didàctica, és molt actiu en l’organització de concerts. Des del 1996 funciona l’associació La Casa Musicale, que promou concerts als espais públics de la ciutat i organitza tallers de música per als joves. Perpinyà compta també amb el Choeur de Chambre i l’Ensemble Orchestra, i amb el Teatre Municipal, on es realitzen audicions i representacions d’òpera. La Biblioteca Pública Municipal fou enriquida amb la biblioteca dels jesuïtes i, durant la Revolució, amb les de Cuixà, la dels convents franciscà i carmelità de Perpinyà i les de les esglésies d’Elna i de Sant Joan. Conserva més de 100 000 volums i es reparteix en diversos edificis de la ciutat. El Palau dels Congressos disposa d’una gran sala d’espectacles, amb 1 200 places, i sales més petites reservades per al cinema i les audicions de música.