Té el seu origen en la missió de Yerba Buena, fundada per un grup de franciscans encapçalats pel frare mallorquí Juníper Serra el 1776. El 1846 fou ocupada pels nord-americans, que li donaren el nom de San Francisco, i experimentà un gran creixement a partir del 1848, que es descobrí or a la regió. Els primers concerts orquestrals tingueren lloc pels volts del 1850 i anaren a càrrec de la Germania Singing Society. Pel que fa a l’òpera, se sap que el 1851 s’estrenà La sonnambula de V. Bellini, a l’Adelphi Theatre. Al llarg del segle continuaren les representacions operístiques, amb preferència per l’òpera italiana, a l’Adelphi Theatre i a l’American Theatre. La difusió de la música a la ciutat es veié molt beneficiada pel naixement d’una indústria editorial a mitjan segle XIX, que durant molt de temps dominà Joseph F. Atwill. El 1871 es fundà una altra editorial, Sherman and Hyde, de la qual sorgí una revista de temàtica musical, la "San Francisco Music and Drama", en què es testimonia l’activitat de diversos compositors autòctons, com Fred Zach, Eugene Kelly o Charles Kohler. El 1876 s’inaugurà el Wade’s Opera House, on s’interpretaren òperes d’autors com G. Meyerbeer, G. Verdi, G. Donizetti i W.A. Mozart.
El 1906 San Francisco patí un terratrèmol, seguit d’un incendi, que destruí gairebé totalment la ciutat, la qual hagué de ser reconstruïda; tanmateix, no perdé la seva vitalitat. El 1911 es fundà l’Orquestra Simfònica de San Francisco, formació que ha tingut per directors H. Hedley (1911-15), A. Hertz (1915-30), P. Monteux (1935-53), E. Jordá (1954-63), J. Krips (1963-70), S. Ozawa (1970-79), E. De Waart (1977-85), H. Blomstedt (1985-95) i, des del 1995, M.T. Thomas. Durant la depressió econòmica del principi dels anys trenta del segle XX l’associació que sustentava econòmicament l’orquestra feu fallida (1934) i aquesta fou refundada el 1935 gràcies a una subvenció municipal amb el nom de San Francisco Symphony Association. L’orquestra ofereix els seus concerts a la War Memorial Opera House, construïda el 1932. La San Francisco Opera Company fou fundada el 1923 per l’italià G. Merola i debutà aquell mateix any, al Civic Auditorium. Nou anys més tard, la companyia es traslladà a la seva nova seu, la llavors recentment construïda War Memorial Opera House. Entre els seus directors més notables hi ha hagut K.H. Adler (1981) i T.A. McEwen, que ocupà el càrrec entre els anys 1982 i 1988, que fou rellevat per L. Mansouri. El 1933 nasqué el San Francisco Opera Ballet, més tard San Francisco Ballet, la primera companyia professional de ballet dels Estats Units, que presentà per primer cop al país El llac dels cignes (1940) i El trencanous (1944), de P.I. Cajkovskij. Els anys cinquanta el director K. Adler portà a terme una renovació de l’activitat operística a la ciutat ampliant el repertori i creant dues companyies d’òpera, la Spring Opera i la Western Opera Theater. Del 1988 al 2001 L. Mansouri fou el director de la San Francisco Opera Company i aquest darrer any Pamela Rosenberg n’assumí la direcció. Del 1907 al 1933 Alfred Metzger publicà la revista "Pacific coast music review". Les universitats i els colleges de San Francisco han estat els grans centres d’ensenyament musical de la ciutat. A la Universitat de Berkeley han impartit classes de música, entre d’altres, R.L. Crocker, D.L. Heartz i O. Wilson. D. Milhaud fou catedràtic al Mills College durant més de trenta anys. El 1983 fou inaugurat un teatre de ballet que acull les representacions del San Francisco Ballet, gairebé cent per any. Des del 1971 la San Francisco Opera Company ofereix anualment un concert gratuït al Golden Gate Park, el primer diumenge després de la inauguració de la temporada operística. En aquestes ocasions, normalment actua amb l’Orquestra Simfònica de San Francisco. El conjunt vocal Chanticleer, nascut a la ciutat el 1978, gaudeix d’un gran prestigi, tant als Estats Units com internacionalment. El seu repertori va des de la música renaixentista fins a autors del segle XX, passant pel gòspel i el jazz.