Fundada el 1180, la ciutat no adquirí cap notorietat especial fins al segle XIX. L’activitat musical durant l’Edat Mitjana documentada en els Cantares antiguos, la música dels quals s’ha perdut, no tenia per centre Sant Sebastià sinó tota la regió, en particular el santuari d’Arantzazu. El 1555 Sant Sebastià convocà places per a mestre de capella. Aquest mateix any, Joan de Sicus ocupà el lloc de primer organista de la parròquia de San Vicente. Es disposa d’informació escrita sobre la música que es feia a les parròquies a partir del segle XVII, on se sap que exerciren els mestres de capella següents: Francisco de Izpura (1713), Miguel José de Oruña (1766-83), Mateo Pérez de Albéniz (1827), Pedro Albéniz (1828) i Julián Salcedo (1828-34). Pel que fa a organistes, es té constància de l’activitat, al segle XVII, de Diego Galindo (1630), Francisco González de León (1630-50), Juan López (1657), Juan de Marcuello (1663) i José de Zelaiandía (1668). El càrrec d’organista a Sant Sebastià exigia molts dies de recital i acompanyament, a més d’incloure les classes de cant, orgue o tecla, pagades a part. A mitjan segle XVIII, diverses fonts documenten la presència de cors, orgues grans i organistes assalariats. A tot el País Basc, i en particular a la capital guipuscoana, les noves idees de la França il·lustrada arribaren amb molta força. A la segona meitat del segle es començà a recuperar l’èuscar com a llengua. Els cercles il·lustrats conrearen l’òpera francesa a Azcoitia i Bergara, però a Sant Sebastià no es té notícia de cap estrena fins el 1791, any en què Carlos Barlassina hi oferí un cicle d’òperes italianes. En el terreny de l’educació musical es creà el Seminari de Bergara, important institució que, un cop més, s’implantà fora de la capital. De fet, la música es desenvolupava en cercles privats que no tenien en compte la ciutat, sinó els seus palaus i vi·les.
Al segle XIX Sant Sebastià adquirí la importància regional que té avui dia. L’obertura d’impremtes musicals, com Almacén de Música de Santesteban o A. Díaz y Cía., a partir del 1802, hi contribuí fortament. L’ensenyament de la música quedà reglat el 1897 gràcies a l’aparició de l’Acadèmia de Música de Belles Arts, que el 1929 es convertí en el Conservatori Municipal de Música. Aquest conservatori sempre ha gaudit d’un gran prestigi, sobretot pel que fa a la formació d’instrumentistes de corda. El 1887 es creà l’Orquestra del Gran Casino, que esdevingué un nucli important d’intercanvi musical. El primer director de la formació fou Guyot. El 1903 es fundà la Unión Artístico Musical de San Sebastián, que no aconseguí formar una orquestra pròpia. La Sociedad Filarmónica Donostiarra, que fomentava els concerts, es creà el 1918, i el 1922 s’inaugurà el Gran Kursaal, que disposà des del començament d’una orquestra pròpia, el director de la qual fou César Figuerido. La Guerra Civil Espanyola feu desaparèixer totes aquestes iniciatives. El 1942 Ramón Usandizaga constituí l’Orquestra Simfònica del Conservatori Municipal de Música, al capdavant de la qual fou succeït per Francisco Escudero i Javier Bello Portu. Aquesta formació es transformà durant els anys setanta en l’Orquestra de Cambra de Sant Sebastià. El 1974 es fundà el Conjunto Barroco, dirigit per Tomás Aragüés, el qual des del 1985 dirigí també l’orquestra del conservatori. La Federación Guipuzcoana de Coros data del 1982 i es fundà per donar suport a la gran tradició coral que existeix a la regió, la mostra més important de la qual és el famós Orfeón Donostiarra. Des de l’any 2000 la ciutat disposa de l’auditori Kursaal, obra de Rafael Moneo, que acull concerts i representacions d’òperes.