Al segle VIII el rei d’Astúries Alfons II hi fundà una abadia, on es conservaven les relíquies de dos màrtirs locals, sant Emeteri i sant Celedoni. Alfons VIII li concedí el fur de repoblació el 1187. A partir del segle XII la ciutat experimentà un gran creixement i l’abadia esdevingué col·legiata. L’any 1754 es convertí en seu episcopal. L’església de la col·legiata, després catedral, fou erigida durant el segle XIV, destruïda per un incendi el 1941 i restaurada posteriorment. Durant els segles XV i XVI la riquesa, es basà en el comerç tèxtil amb Flandes de la ciutat i a partir del XVIII, en el comerç de cereals amb Amèrica. Es tenen poques notícies musicals de l’Edat Mitjana i de l’època renaixentista. El protagonisme en aquest sentit el tenien algunes esglésies i monestirs de la comarca, com ara l’abadia de Santillana. La primera meitat del segle XVIII fou un període difícil per a Santander. La pesta i la pobresa retardaren l’aparició d’una vida musical plena fins a mitjan segle XVIII, en què Juan Antonio García de Carrasquedo esdevingué mestre de capella de la catedral. García de Carrasquedo arribà a la ciutat el 1756 i l’abandonà el 1812. Durant aquest llarg període compongué un catàleg extens i de notable qualitat. Els arxius de la catedral foren destruïts en l’incendi, però es conserva part de la seva música gràcies als arxius d’altres seus de la zona, fet que demostra la importància que tingué aquest compositor a la regió. Sota la seva batuta, la capella de Santander arribà a tenir dos cors, dos organistes i un conjunt instrumental amb violins, trompes, oboès, clarí, violes, baixons i flautes. El succeïren en el càrrec Juan Ezequiel Fernández (1783-94), Joaquín Pedrosa (1795-98), Manuel Ibeas (1798-1804), Paulino Salazar (1804-21), Bernardo Cartón (?-1867), Wenceslao Fernández Pérez (1867-77) i Manuel Gabino Gordón (1878-?). El 1838 s’inaugurà el Teatro Principal, el centre de la vida operística i sarsuelística al Santander del segle XIX. L’òpera italiana era la preferida del públic i esdevingué un gènere realment popular, tant com la mateixa sarsuela, si no més. Un fill il·lustre de la ciutat fou Eusebio Sierra, nascut el 1850, un dels llibretistes espanyols més prolífics. Col·laborà, entre altres compositors, amb T. Bretón.
La ciutat de Santander és famosa avui dia pel seu Festival Internacional, que, després del de Granada, és el més antic de tot l’Estat. Es creà el 1952, gràcies a l’impuls del director d’orquestra Ataulfo Argenta, que en fou el primer director. Tingué la seu a la Plaza Porticada fins el 1990, any en què s’inaugurà el modern Palacio de Festivales i s’acomiadà l’antic recinte amb un recital de M. Rostropovič. Al Palacio de Festivales tenen lloc també les representacions d’òpera i de ballet i els concerts de música simfònica. Els actes del festival, però, no es limiten a aquest local sinó que s’estenen a altres llocs, amb actuacions a les esglésies i els monestirs més significatius de Cantàbria. Des del 1979 el director del festival és José Luis Ocejo. La Coral de Santander, ara Camerata Coral de Santander, ha estat una de les pioneres a Europa en la interpretació historicista de música antiga. L’antiga directora del conjunt, la musicòloga nord-americana Lynne Kurzeknabe, fou la responsable de la recuperació de l’obra de Carrasquedo i de l’enregistrament de la Misa en re menor, la composició més famosa d’aquest autor. Alguns dels millors intèrprets internacionals, com ara l’Orquestra del Concertgebouw d’Amsterdam o el pianista i director D. Barenboim, han participat en el Festival Internacional de Santander. El compromís del festival amb la música contemporània, amb encàrrecs a compositors i estrenes d’obres actuals, també el converteix en un punt de referència en l’àmbit estatal en aquest sentit. L’Orquestra del Festival de Santander és una altra gran aportació del certamen a la ciutat. D’altra banda, des del 1972 s’hi celebra el Concurs Internacional de Piano Paloma O’Shea, que a partir del 1974 obrí les portes a participants estrangers.