Els seus orígens es remunten al 612, any en què l’irlandès Gallus (~550-~627) fundà una ermita vora el riu Steinbach, prop de Zuric. Aviat reuní al seu voltant una petita comunitat, que l’any 720 era regida per sant Otmar (~689-759), que fundà el monestir. La casa seguí la regla irlandesa fins que l’any 760, en què passà a dependre del bisbat de Constança, adoptà la regla benedictina. L’emperador dels francs Lluís el Piadós (814-840) transformà Sankt Gallen en una abadia reial independent. En temps de l’abat Gozbert (816-836), el monestir inicià el període de prosperitat més gran, tant econòmica com artística. Els abats Grimald (841-872) i Salomó (892-920) ampliaren les dependències i estimularen la vida intel·lectual del centre. Músics, poetes i intel·lectuals donaren esplendor al cenobi en aquesta època, entre els quals Hartman (m. 864), Moengal (m. 869), Ratpert (m. 890), Notker (m. 912) i Tuòtil (m. 915), que compongueren himnes, antífones, trops i versos.
Malgrat que les aportacions de l’escola de Sankt Gallen en temps carolingis pertanyin principalment al camp literari, alguns autors també escriviren melodies per a determinades composicions pròpies, com possiblement és el cas de Notker. La tradició artística del monestir continuà fins al principi del segle XI gràcies a l’obra d’Ekkehard (m. 973), Hartker (m. 1011) i Notker Teutònic (m. 1022), que traduí S. Boeci i escriví el primer tractat de música alemany. Amb l’adopció de les normes cluniacenques l’any 1034 per ordre de l’emperador Conrad II, el monestir inicià un lent declivi, que ja era totalment manifest al segle XIV. El 1805 la comunitat fou dissolta, però la biblioteca es mantingué sota la custòdia d’alguns monjos. El 1844 Sankt Gallen es convertí en seu episcopal, l’església conventual es transformà en catedral, i la seva biblioteca, en biblioteca capitular. Entre els manuscrits musicals de l’antic monestir destaca un cantatorium del segle IX, un gradual del segle X, l’antifonari de Hartker i una col·lecció de troparis dels segles X i XI. Utilitzen la notació neumàtica usual en determinats escriptoris de Suïssa i el sud d’Alemanya, molt rica en signes rítmics. Si bé la influència de Sankt Gallen en l’evolució del cant litúrgic ha estat tal vegada exagerada en algunes ocasions, la difusió de l’obra d’alguns dels seus poetes músics fou certament notable.