Els seus orígens són confusos, i se situen cap al 878. El moment de màxima activitat es pot fixar entre els segles XI i XII, quan serví d’alberg als comtes de Barcelona i de lloc d’assemblea a juristes i legisladors. A mitjan segle XIV entrà en decadència, i el 1844 fou exclaustrat. Els manuscrits musicals procedents del monestir que s’han conservat són pocs, i la majoria es troben dipositats a l’Arxiu de la Corona d’Aragó. En destaquen: el Ms Sant Cugat 3, un leccionari del segle XI que conté les Lamentacions del profeta Jeremies en notació catalana; el Sant Cugat 47, un sacramentari i missal del segle XII que duu neumes aquitans; el Sant Cugat 46, que correspon a la consueta o cerimonial del monestir dels anys 1221-23 i que duu himnes, cants de l’antifonari de la missa (algun dels quals sembla que difereix del model romà), i un tonari (folis 158-191) en notació aquitana de transició, i finalment el Sant Cugat 73, rituale del monestir dels segles XIII i XIV amb diversos cants per a l’ofici de difunts i per a les festes de sant Esteve, sant Jaume i sant Martí, en notació aquitana quasi quadrada.
Menció especial mereix el monjo del monestir Pere Ferrer (m. 1231), la làpida sepulcral del qual (avui al Museu Nacional d’Art de Catalunya) afirma que "compongué cantics, un tractat, versos i proses, de la qual cosa queda un llibre per testimoni", que podria ser idèntic al tonari de la consueta de 1221-23. Aquest dona fe que al monestir, en el decurs de les matines de Nadal, s’acostumaven a cantar els versos del Iudicii signum o versos de la Sibil·la com a part del sermó Inter pressuras que ocupava la darrera lliçó del tercer nocturn. La consueta diu així: "Els versos Iudicii signum els diuen dos germans des de darrere les reixes, i altres dos des del faristol. I el cor respon Iudicii signum" (Sant Cugat 46, fol. 59; en llatí a l’original).