La seva història ha estat condicionada per les contínues invasions dels pobles veïns. Per aquesta raó, l’Església i les classes dominants estrangeres foren els principals nuclis al voltant dels quals es desenvolupà l’activitat musical. És a partir del segle XVII que es tenen notícies realment concretes. El 1632 es creà la Universitat de Tartu, que aviat fou escenari de concerts i representacions de comèdies musicals, i durant el segle XVIII les representacions d’òpera eren habituals a les principals ciutats. Tanmateix, no fou fins al segle XIX que començà a detectar-se una autèntica activitat musical. A Tallinn es creà el Teatre d’Estònia, i a Tartu el Teatre Vanemuine, tots dos nascuts el 1870. Entre els compositors estonians del segle XIX i la primera meitat del XX destaquen R. Tobias (1873-1918), A. Kapp (1878-1952), M. Lüdig (1880-1958), P. Süda (1883-1920), M. Saar (1882-1952) i A. Lemba (1885-1963). En molts d’ells és clara la influència de la música russa, però Saar destaca per la voluntat de creació d’un llenguatge propi inspirat en el folklore estonià. El 1920 nasqué l’Acadèmia de Música de Tartu, el 1923 el Conservatori de Tallinn i, el 1928, E. Aav compongué la primera òpera estoniana, Vikerlased ('Vikings'). El cant coral, de gran tradició al país, té representants tan notables com el Cor Masculí Nacional Professional (1944) i el Cor Mixt de la Ràdio Estoniana (1945). Des del 1949 se celebra el Festival de Jazz de Tallinn. A partir dels anys cinquanta els compositors anaren abandonant el corrent nacionalista per experimentar amb noves possibilitats, com ara les tècniques aleatòries, la música electrònica, el serialisme, etc., i s’endinsaren en l’estudi de la música no occidental. Aquest és el cas de músics com A. Pärt, G. Ernesaks, L. Auster, V. Kapp, E. Tamberg, V. Tormis o L. Normet. L’Orquestra de Cambra de Tallinn sorgí el 1961 i fou dirigida durant molt de temps per Neeme Järvi. El Cor de Cambra de Tallinn nasqué el 1966 i el Cor de Cambra Filharmònic Estonià el 1981. L’Orquestra Simfònica Nacional Estoniana i la Jove Orquestra Simfònica Estoniana són les altres dues formacions orquestrals de més pes.
Les formes més antigues de música popular a Estònia són els anomenats cants rúnics, algunes de les característiques dels quals són l’alternança d’un solista amb un cor i la monodia. Inclouen cants èpics, però també cançons associades a la collita i a cerimònies com noces i enterraments. Dins dels cants rúnics, n’hi ha de melòdics i de recitatius. Entre els recitatius, hom inclou les cançons de bressol, les cançons de joc i infantils i les cançons narratives. A partir del segle XVIII i sobretot del XIX, amb la caiguda de les antigues estructures feudals i la introducció del capitalisme, la música canvià. Aquestes formes més modernes presenten estructures melòdiques on predomina la forma estròfica. Les danses per parelles no entraren a Estònia fins al segle XIX, època en què s’introduïren balls de saló com la polca o el vals, que quedaren incorporats a la música popular. Les danses populars estonianes més antigues no són de parella sinó col·lectives i tenien un caràcter ritual. Pel que fa als instruments, els més nombrosos són els aeròfons, amb una gran diversitat de flautes, com ara la pajupill o la vilepill. També hi ha corns, com el sokusarv, i instruments de llengüeta com el lätspill, el lehepill o el rukkirääk. D’altra banda, el sac de gemecs, anomenat torupill, és força corrent. Pel que fa als instruments de corda destaca el saltiri, dit kannel, i el violí, aquest darrer introduït al segle XVIII. Els conjunts d’instruments més habituals consisteixen en un o dos violins i el kannel. Altres instruments usats en conjunts són el contrabaix, la guitarra i la concertina.