En la commemoració del cinquantè aniversari de la mort de W.A. Mozart, la ciutat de Salzburg, juntament amb Constanze Weber, vídua del compositor, impulsà la creació de la Societat Musical de la Catedral per a la promoció d’activitats musicals. La societat era formada per membres de l’orquestra de la catedral i alumnes de l’escola del Mozarteum. Des del seu inici, s’especialitzà en la interpretació de l’obra del músic de Salzburg. El 1939 el Mozarteum i lse separaren, i aquesta darrera adquirí caràcter professional i es convertí en un important instrument de recerca sobre la música de Mozart, i també en pionera de la interpretació contemporània de la seva obra. Des del 1958 depèn de l’ajuntament i la província de Salzburg. La seva activitat inclou actuacions arreu del món, a més de les Mozart Matinées i les intervencions anuals al Festival de Salzburg i a la Setmana Mozart. Igualment, col·labora oferint concerts per a la Societat Cultural de Salzburg, en les representacions d’opereta, òpera i ballet del Salzburg Landestheater i en un cicle de concerts organitzat per la Fundació Mozarteum. Entre els directors convidats que n’han estat al capdavant cal esmentar K. Böhm, H. Knappertsbusch, C.H. Krauss, J. Krips, P. Hindemith, M. Minkowski, I. Bolton o T. Koopman. Amb H. Soudant, el director principal des del 1995, l’orquestra ha realitzat nombroses gires arreu del món, com la que l’any 2001 la dugué a l’Estat espanyol. Solistes com ara T. Fellner, Th. Moser o V. Afanassiev acompanyen sovint la formació en les seves actuacions.