En la seva joventut estigué probablement sota la protecció del duc d’Urbino, Guidobaldo I. A la seva cort degué conèixer l’aleshores naixent tipografia de caràcters mòbils, que revolucionà el món del coneixement al segle XV. El 1498, ja ciutadà de Venècia, les autoritats li concediren, durant vint anys, el privilegi en la impressió i venda de les partitures per a música polifònica i música per a llaüt. Aquest privilegi fou degut suposadament al fet d’haver ideat una tècnica d’impressió molt acurada, basada en la impressió successiva i superposada de pentagrama, notes i text (posteriorment reduïda a la de pentagrama i text seguida de la de les notes). El 1501, juntament amb altres impressors, edità el recull de cançons seculars Harmonice Musices Odhecaton, primera obra musical impresa. Aviat se’n feren noves sèries dedicades a la música religiosa (misses i motets dels compositors contemporanis més destacats de l’època, com ara Josquin Des Prés o Alexander Agricola). Continuà també la dedicació al repertori secular i contribuí a la difusió de gèneres com ara la frottola, antecedent del madrigal. Tot i residir i treballar a Venècia, Petrucci mantingué càrrecs municipals a la seva ciutat natal des del 1504. El 1511, el clima polític advers creat per la guerra entre la lliga de Cambrai i Venècia i l’embargament comercial de la ciutat decretat pel papa, conseqüència de la guerra obligaren Petrucci a traslladar-se a Fossombrone, on reprengué l’activitat impressora, bé que aquest cop es dedicà sobretot a l’edició d’obres literàries i de doctrina. No obstant el fet que mantenia una posició dominant en l’ofici, Petrucci començà aquests anys a afrontar una competència en augment -litigà contra altres impressors amb privilegis que s’interposaven amb els seus- i hagué també de rebaixar la qualitat de les seves edicions per la gran acceptació de noves formes d’impressió més econòmiques, si bé mancades de tot luxe. L’activitat política, a més, li dificultà l’exercici de la professió, especialment en 1516-19 quan la família della Rovere fou bandejada del govern venecià a favor de Lorenzo de Mèdici. Després del 1520, tanmateix, cessà tota activitat editora en dedicar-se a la fabricació de paper, indústria amb la qual feu una gran fortuna.