Després d’exercir diversos càrrecs a Eichstätt, Ratisbona i Passau, el 1683 es traslladà a la cort de Munic, des d’on l’elector de Baviera Maximilià II, que reconegué el seu talent, l’envià a París a estudiar amb J.B. Lully. El 1706 era mestre de capella a Freising. Mayr compongué misses, ofertoris i salms, en els quals s’observa la influència de J.K. Kerll, gran impulsor de l’estil concertant italià a Munic. La característica principal dels ofertoris de Mayr és l’estreta relació temàtica que comparteixen veus i instruments. El seu Dominus regnavit consisteix en diverses seccions breus, cada una basada en un o dos temes que són tractats en diverses combinacions de solista i cor. Compongué també música instrumental i música profana, la qual mostra la influència de G. Carissimi.