Una de les primeres notícies que se’n té el situa al servei de la capella de l’emperador Carles V durant la dècada del 1540, encara que l’ocupació que hi tenia no està prou clara. Possiblement s’ocupà del cor de nens. Al mateix temps apareix com a beneficiat a Dendermonde (Flandes), Béthune i Lovaina. Més tard es troba com a canonge a Namur (Bèlgica), Dendermonde, i a Béthune des del 1555 fins a la seva mort. Està considerat una de les principals figures de la música de la generació posterior a Josquin Des Prés. La seva obra és un dels exemples més aconseguits de l’aplicació del principi de la polifonia imitativa. Fou un autor molt prolífic. Dins el camp de la música religiosa escrigué dotze misses a quatre, cinc i sis veus, més de cent motets, dos cicles de lamentacions i diversos salms. La seva producció profana és també molt àmplia i està formada per cent noranta-dues chansons a quatre, cinc i sis veus. Segurament fou el compositor francoflamenc del qual s’editaren més composicions d’aquesta mena. Les seves primeres obres publicades aparegueren cap al 1540, editades per Tylman Susato a Anvers i per Jacques Moderne a Lió. L’editor d’Anvers publicà l’únic llibre completament dedicat a la seva obra, Le tiers livre de chansons (Anvers, 1544), que conté trenta-set chansons. L’editor Pierre Phalese s’encarregà, un cop mort el compositor, d’editar dos volums amb els seus motets: Liber septimus cantionum sacrarum (Lovaina, 1559) i Opus sacrarum cantionum (Lovaina, 1567). La resta de la seva obra està dispersa en gran quantitat de volums miscel·lanis i antologies publicades durant tot el segle XVI i en molts manuscrits. Una difusió tan gran és prova de la gran estima de què gaudia aquest compositor. La part més important de la seva obra fou la producció religiosa. Gairebé totes les misses utilitzen procediments paròdics, molt sovint a partir de les seves pròpies chansons o de les d’altres autors. Els seus motets destaquen per les habilitats estructurals que demostren.
Missa ’Congratulamini', 4 v.; Missa ’D’amours me plains', 4 v.; Missa ’Domine da nobis auxilium', 6 v.; Missa ’Domine Deus omnipotens', 6 v.; Missa ’Doulce memoire', 4 v.; Missa ’Kain in der Welt So Schön', 4 v.; Missa ’D’ung petit mot', 5 v.; Missa ’Je prens en gré', 4 v.; Missa ’Las il faudra', 4 v.; Missa ’Mort m’a privé', 5 v.; Missa ’Pis ne me peult venir', 5 v.; Missa ’Se dire ie l’osoie', 5 v.; 2 cicles de lamentacions; més de 100 motets (entre els quals: Ave virgo gloriosa, 5 v.; Beata es virgo Maria, 5 v.; Congregati sunt inimici nostri, 6 v.; Da pacem Domine, 5 v.; Domine Deus qui contreris, 5 v.; Dum aurora finem daret, 5 v.; Magna est mirabilia, 6 v.; Quam pulcra es, amica mea, 5 v.; Quis te victorem dicat, 5 v.; Salvatorem expectatus, 4 v.; Surgens Dominus noster, 5 v.; Veni Creator Spiritus, 4 v.)
Prop de 200 chansons (entre les quals: Amour le veult, 4 v., publ. 1544; A vous parler je ne puis, 4 v., publ. 1554; Ce fut amour, 5 v., publ. 1550; C’est à grand a tort que moy pouvre j’endure, 3 v., publ. 1560; C’est à grand tort qu’on dict, 4 v., publ. 1554; Contrainct je suis, 4 v., publ. 1555; En attendant d’amour, 4 v., publ. 1554; Fortune hellas que te peult profiter, 4 v., publ. 1544; L’ardant amour souvent, 4 v., publ. 1554; Le doulx baisir, 4 v., publ. 1545; O combien est malhereux desir, 3 v., publ. 1552; O triste ennui, 5 v., publ. 1553; Si mon travail, 4 v., publ. 1544; Un gay bergier, 4 v., publ. 1543)
- Bridgman, N. i Hudson, B., eds.: Thomas Crecquillon: Opera omnia, "Corpus Mensurabilis Musicae", 63, American Institute of Musicology, 1974