Fou monjo de l’orde del Cister al monestir de Nogales. Exercí diversos càrrecs dins d’aquest orde, com per exemple el de visitador general i abat de diversos monestirs. Segons afirma Andrés Lorente en el seu llibre El porqué de la música (Alcalá de Henares, 1672), Tomás Gómez sembla que és l’autor del tractat Arte de canto llano, órgano y cifra junto con el de cantar sin mutanza, altamente fundado en principios de aritmética y música (Madrid, 1649), escrit amb l’objectiu de simplificar l’aprenentatge del solfeig i del cant pla. També hi ha indicacions sobre la notació mensural i digitació per a la interpretació amb orgue, i s’hi inclou el sistema de tabulatures ideat per Luis Venegas de Henestrosa i practicat per Antonio de Cabezón.