La crisi financera va ser la principal protagonista dels últims dies de l'any 2008, i el Govern va haver de sortir al pas de les dures crítiques que rebia per donar suport al pla d'estímul econòmic que pretenia aprovar el G-20, a iniciativa de la Comissió Europea. Finalment, l'11 de desembre Merkel va anunciar que donarien suport a la mesura, que havia de reunir l'1,5% del PIB dels estats comunitaris, però tot semblava indicar que la crisi exigiria més esforços, i també víctimes. Així, el 13 de gener, el Govern va comunicar l'aprovació del paquet de mesures econòmiques més important des del 1949. Rebaixes fiscals, augment de la inversió pública, reduccions en les cotitzacions a la Seguretat Social i ajuts econòmics per a la substitució de cotxes o el naixement de fills van ser les mesures d'un pla que havia de suposar la injecció de 50.000 milions d'euros en l'economia, però que també preveia un dèficit pressupostari que, amb tota seguretat, superaria el llindar del 3%, segons els criteris de Maastricht. D'altra banda, la crisi va tenir com a víctima el titular de la cartera d'Economia, el socialcristià Michael Glos, que el 7 de febrer va presentar la dimissió després de tres anys de lluitar en solitari dintre d'un Govern que basculava entre el titular de Finances, el socialdemòcrata Peer Steinbrück, i la cancellera Angela Merkel. El substitut va ser el jove i aristocràtic polític Karl-Theodor zu Gut-tenberg, company de partit de Michael Glos.
En les eleccions anticipades, celebrades al gener, a l'estat de Hesse es va anunciar el futur de la coalició de Govern al país: amb una pujada aclaparadora de liberals i verds, el manteniment de les preferències envers la CDU i l'enfonsament de l'SPD, el Govern estatal va passar a mans d'una coalició entre liberals i CDU. En les successives eleccions, però, no es van repetir exactament els mateixos resultats: Saarland i Brandenburg van passar a mans d'una coalició verda i roja formada per L'Esquerra, Els Verds i l'SPD; Saxònia va quedar per a la CDU, i els estats de Turíngia i Schlesvig-Holstein van formar coalició de Govern entre la CDU i els liberals.
Aquests resultats, juntament amb la difusió al mes de maig de la caiguda del 6% del PIB --la pitjor recessió des de la postguerra alemanya-- i les manifestacions del 16 de maig, en les quals els sindicats van aconseguir que 100.000 persones sortissin al carrer per reclamar una acció del Govern més decidida per afrontar la crisi, van neguitejar la cancellera. Sortosament per a Merkel, però, a mitjan agost es va anunciar que el PIB alemany havia crescut el 0,3%, percentatge que tècnicament representava el final de la recessió.
Pel que fa a les eleccions generals de 27 de setembre, van registrar un primer rècord històric, una abstenció del 29,2%, i també la pitjor caiguda electoral de l'SPD, que va aconseguir el 23% dels vots i va patir una davallada d'11 punts respecte de les eleccions anteriors, mentre que la CDU-CSU va aguantar amb el 33,8% dels vots --1,4 punts menys que l'anterior cita--. Els partits més petits, en canvi, van pujar: els liberals de l'FDP van aconseguir el 14,6%; amb l'11,9% L'Esquerra va superar per primera vegada Els Verds, que amb el 10,7% van patir la deriva possibilista que els ha anat allunyant del seu electorat natural. Com era de preveure, Merkel va iniciar converses per formar govern amb els liberals, i el 24 d'octubre es va anunciar un pacte de coalició que, a més de preveure una rebaixa impositiva de 24.000 milions d'euros a partir del 2011, deixava a mans de l'FPD les carteres d'Afers Estrangers, Economia, Sanitat, Justícia i Cooperació i ajuda al desenvolupament.
Al novembre, Alemanya va celebrar amb diversos actes multitudinaris i amb presència de mandataris internacionals el 20è aniversari de la reunificació del país i la caiguda del mur de Berlín.