El 2009 va ser l'any de l'estrena del nou sistema polític, una monarquia constitucional. Malgrat la importància formal dels esdeveniments, els bhutanesos van mostrar una certa perplexitat, ja que tot el procés va estar dirigit per la monarquia, i la implicació popular va ser més aviat minsa. Els ciutadans estaven més capficats en problemes com l'atur o la violència generada per grups vinculats a refugiats nepalesos abandonats i discriminats al sud del país. Precisament, al mes de gener va ser notícia la condemna a set anys de presó de Shanti Ram Acharya, periodista de vint anys que havia retornat al país des del Nepal i que va ser acusat d'haver pres part en un camp d'entrenament d'insurgents vinculats al Partit Comunista del Bhutan Marxista Leninista (CPB-MLM), presumptament responsable de la violència terrorista al país. El CPB-MLM, però, va emetre un comunicat en què negava cap vinculació amb el periodista. A més, segons l'Associació de premsa lliure del Bhutan, el procés judicial va estar ple d'irregularitats, l'acusat no va tenir representació legal i va ser torturat mentre estava detingut.
D'altra banda, el Govern va anunciar la creació d'un grup d'elit de l'exèrcit per lluitar contra el terrorisme, mentre que el Front Unit Revolucionari del Bhutan, braç armat del CPB-MLM, va reivindicar l'autoria de l'atac que va tenir lloc al mes de desembre i que va causar la mort de quatre guardes forestals.
Al mes d'abril es van disparar totes les alarmes per culpa del virus Huanglongbing (HLB), un paràsit que transmet un mosquit i que afecta els cítrics que va provocar en molts casos la mort de la planta i que en poc temps va fer malbé el 70% de la collita de tarongers. Presumiblement originada a Tailàndia, aquesta onada nova del virus va fer témer que podia posar en perill de mort una de les indústries més potents de l'economia bhutanesa i que havia donat, el 2008, uns grans beneficis.