El lent procés per a la incorporació de Bòsnia i Hercegovina a les diferents institucions internacionals va fer un petit pas endavant al principi d'octubre, quan l'OTAN va acceptar la sol·licitud bosniana per a formar part d'aquesta institució. El proper pas és establir un pla d'acció que asseguri les profundes reformes en àmbits com l'enfortiment democràtic i l'efectivitat militar que ha de dur a terme Bòsnia i Hercegovina abans de la seva incorporació definitiva a l'organització.
Les converses promogudes pels Estats Units i la Unió Europea per posar fi a l'estancament del procés de reforma constitucional van tenir lloc a l'octubre, i van acabar fracassant, ja que no es va obtenir cap resultat concret. Segons l'informe sobre els progressos cap a una plena sobirania presentat al juliol pel nou alt representant per Bòsnia i Hercegovina, el diplomàtic austríac Valentin Inzko --en el càrrec des del mes de març--, els líders bosnians estan soscavant les institucions de l'Estat malgrat les condemnes internacionals. Al maig, el vicepresident dels Estats Units, Joe Biden, va visitar el país i va demanar als líders locals que fessin un esforç per treballar conjuntament. Al juny, Inzko va utilitzar els seus poders com a alt representant per a anul·lar 68 competències que la República Srpska, una de les dues regions autònomes de Bòsnia i Hercegovina, s'havia apropiat en contra del que recullen els acords de Dayton. Les relacions entre les dues entitats són complexes, i les intencions independentistes de la República Srpska dificulten la convivència de les diferents comunitats. Al febrer, un magistrat local de Banja Luka va decidir compensar la comunitat islàmica local amb 50 milions de dòlars per facilitar la reconstrucció de les 16 mesquites destruïdes al llarg de la guerra, algunes de les quals eren Patrimoni de la Humanitat. La decisió, considerada històrica per la comunitat bosniana, va ser anul·lada al novembre per un tribunal regional a favor de la República Srpska.
Per la seva banda, a l'octubre va començar el judici de l'antic líder serbobosnià Radovan Karadžić al Tribunal Internacional de la Haia. Acusat d'onze càrrecs de genocidi, crims de guerra i crims contra la humanitat, Karadžić ha boicotejat el procés en nombroses ocasions. Detingut al juliol del 2008, va fer la seva primera intervenció al Tribunal Internacional deu dies després, i posteriorment s'ha negat a participar en el seu judici. Al principi de novembre va aparèixer per demanar un ajornament --concedit fins al març del 2010-- perquè els seus nous advocats poguessin estudiar més d'un milió de pàgines que componen el seu cas. Malgrat que l'acusat es representa a ell mateix, la normativa del Tribunal exigeix que ho faci amb el suport d'un advocat designat. Per evitar que Karadžić continuï amb el seu comportament obstruccionista, el president del tribunal, el jutge coreà O-Gon Kwon, ja ha avançat que se li denegarà el dret a l'autodefensa si no canvia d'actitud.
En el marc de la depuració de responsabilitats, van seguir també les tasques del Tribunal bosnià per crims de guerra, que jutja els casos de menor envergadura que no es deriven al Tribunal de la Haia. Al novembre es va detenir un antic comandant bosnianomusulmà acusat d'assassinar més de 20 civils croats durant la guerra del 1993, que se sumava així als serbis i musulmans detinguts al llarg del 2009 acusats també de crims de guerra. Amb l'objectiu d'ajudar a la comprensió dels fets, una institució bosniana va presentar l'Atles dels crims de guerra, una iniciativa digital que identifica més de 50.000 punts geogràfics on van tenir lloc actes criminals durant la guerra de 1992-95.