Les tensions en el si de les Forces Nacionals d'Alliberament (FNL), la darrera guerrilla hutu a signar la pau, al maig del 2008, i la confirmació de la condemna a Hussein Radjabu van amenaçar l'estabilitat d'un Govern que preparava les eleccions generals, previstes per al 2010. La crisi en les FNL va ser provocada per la rebel·lió d'una facció, encapçalada per Pasteur Habimana i Jacques Kenese, que contestava el lideratge d'Agathon Rwasa, dirigent històric de les FNL que gaudeix de molta popularitat entre els excombatents. En un congrés, celebrat a l'octubre, Rwasa va ser destituït de la presidència, encara que no va acceptar aquesta decisió. Pel que fa a Radjabu, el Tribunal Suprem va confirmar la seva condemna a 13 anys de presó imposada un any abans per "crims contra la seguretat de l'Estat". Radjabu argumenta que tot és un muntatge del president de la república, Pierre Nkurunziza, a qui va qüestionar com a líder del Consell Nacional per a la Defensa de la Democràcia (CNDD-FDD), en el poder des de les eleccions del 2005, les primeres després de l'acord de pau de l'agost del 2000. L'economia, que depèn de l'agricultura de subsistència i la producció de cafè, va créixer el 2,9%. Les inversions són mínimes a causa de la inestabilitat política i les limitacions del mercat.