El president, Pierre Nkurunziza, va ser reelegit en unes eleccions marcades pel boicot de bona part de les formacions opositores, les detencions de dirigents crítics amb el Govern i els atacs armats, en especial a la província rural de Bujumbura. En la consulta, celebrada al final de juny, P. Nkurunziza va obtenir el 91% dels vots. Un mes després, en les eleccions legislatives, el partit del president, el Consell Nacional per la Defensa de la Democràcia-Forces de Defensa de la Democràcia (CNDD-FDD, exguerrilla hutu), va aconseguir la majoria absoluta amb 81 escons. El partit UPRONA va obtenir 17 diputats, mentre que el Frodebu Ndadaye, tan sols 5. La resta de formacions van boicotejar la consulta, en considerar que, en les eleccions municipals de maig, s’havia produït un frau massiu en favor del president. Per tal de respectar la Constitució sorgida dels acords de pau d’Arusha (Tanzània) —que estableix que el 60% dels parlamentaris han de ser hutus i el 40%, tutsis, i fixa un mínim del 30% dels escons per a les dones—, en el Parlament hi havia 62 diputats hutus, 41 tutsis i 3 twes.
En començar el segon mandat, P. Nkurunziza es va enfrontar a la inestabilitat causada per la fugida de destacats opositors, entre els quals hi havia Agathon Rwasa, el carismàtic líder de la darrera guerrilla hutu que va deixar les armes, les Forces Nacionals d’Alliberament (FNA). Des de l’exili, Rwasa va negar que el seu moviment estigués darrere dels atacs registrats periòdicament al seu feu, la província rural de Bujumbura. L’economia va créixer poc més del 3%.