Durant la primera quinzena de gener es va celebrar la tercera fase de les eleccions legislatives. Els partits islamistes van obtenir més de dos terços dels escons, i van confirmar la seva victòria: el Partit de la Llibertat i la Justícia (PLJ), dels Germans Musulmans, va obtenir un 47% dels vots; el partit salafista al-Nur, nou grup creat després de la revolució, va aconseguir el 24,7%. El partit lliberal Wafd va obtenir un 9%, mentre que el Bloc Egipci, coalició de partits lliberals laics, va aconseguir un 7%. L'escrutini va estar marcat per irregularitats en una dotzena de circumscripcions, les del sud del Sinaí i Port Saïd, i el districte de Qena, que integra la regió turística de Lúxor. La confraria dels Germans Musulmans, creada el 1928 i que va viure en semiclandestinitat en l'època de Mubàrak, va multiplicar les iniciatives per a presentar-se com un grup responsable, obert a aliances amb els partits laics i a la cooperació amb la comunitat cristiana copta (que representa entre un 6 i un 10% de la població), diferenciant-se dels grups salafistes.
El 23 de gener va tenir lloc la sessió inaugural de la nova Assemblea Popular (cambra baixa del Parlament). Saad al-Katatni, secretari general del PLJ, va ser elegit president de la cambra, i Àixfraf Thàbit, membre del partit salafista al-Nur, i Muhàmmad Abd al-Alim Dàwud, membre del Wafd, van ser elegits vicepresidents. El mariscal Tantawí, cap d'estat de fet després de la marxa de Mubàrak, va anunciar la transferència dels poders legislatius a la cambra, que haurà de designar una comissió per a redactar una nova constitució.
El 25 de gener es va commemorar l'inici de la revolta contra el president Hosni Mubàrak. La data simbòlica va ser declarada "Dia de la Revolució" i es va convertir en festiu, en record de les manifestacions que van posar fi al règim dictatorial. El mariscal Tantawí va anunciar la fi parcial de la llei sobre l'estat d'emergència, en vigor des de l'assassinat d'Anwar al-Sadat a l'octubre del 1981. El final d'aquesta llei, que permetia restringir les llibertats públiques i jutjar davant tribunals d'excepció, havia estat una de les reivindicacions des de l'inici de la revolta al gener del 2011. En ocasió d'aquest primer aniversari, la justícia militar va concedir la gràcia a 2.000 detinguts, entre ells el blocaire Maikel Nabil, condemnat a deu anys de presó per criticar l'exèrcit. L'aniversari no va estar exempt de tensions entre els grups islamistes, guanyadors de les eleccions legislatives, el poder militar, acusat de voler perpetuar l'antic règim, i els moviments revolucionaris, que van cridar a rellançar les protestes.
Els grups islamistes també van aconseguir la majoria dels escons en les eleccions a la cambra alta del Parlament que té una funció consultiva, la Xura, celebrades al final de gener i principi de febrer. El PLJ va obtenir 180 escons, 45 el partit salafista al-Nur, 14 el Wafd i 8 la coalició lliberal del Bloc Egipci. La resta d'escons es va distribuir entre formacions menors.
Els dies 23 i 24 de maig va tenir lloc la primera ronda de les eleccions presidencials. El candidat dels Germans Musulmans, Muhàmmad Mursí, va aconseguir el 24,3% dels vots, i es va situar per davant d'Ahmed Xafiq, darrer primer ministre de l'època Mubàrak, que va aconseguir el 23,3% de vots. El candidat d'esquerra, Hamdin Sabahi, va ocupar la tercera posició, amb el 20,4% de vots, seguit de l'islamista moderat Abdel Moneim Abul Futuh, amb el 17,1%, i l'exministre d'Afers Estrangers Amr Mussa, que va rebre l'11%. Cap candidat va obtenir la majoria absoluta, cosa que va obligar a una segona ronda els dies 16 i 17 de juny entre els candidats més votats, Muhàmmad Mursí i Ahmed Xafiq. L'eliminació a la segona ronda de la resta de candidats va generar manifestacions que van reclamar contra el poder de l'islam i de l'exèrcit, i es va arribar a saquejar la seu de campanya d'Ahmed Xafiq. Al juny, a la segona volta, es va proclamar guanyador Muhàmmad Mursí, amb el 51,7% dels vots; Ahmed Xafiq va obtenir el 48,3%. La victòria de Mursí va ser celebrada per milers de persones a la plaça Tahrir del Caire. Amb 60 anys i enginyer de formació, Mursí és el primer islamista i el primer civil que esdevé cap d'estat des de l'enderrocament de la monarquia egípcia el 1952. Les seves prerrogatives i el seu paper són incerts encara davant el poder dels militars. Les dificultats internes es van agreujar encara més quan el Tribunal Constitucional, dos dies abans de la segona ronda de les presidencials, va decidir dissoldre la cambra baixa legislativa per irregularitats en el mètode d'escrutini. El 17 de juny el Consell Suprem de les Forces Armades va publicar un decret pel qual assumia temporalment el poder legislatiu, retallava poders al nou president i controlava la redacció de la nova Constitució.
Enmig de la creixent tensió entre els militars i els nous dirigents del país, al final de juliol el president Mursí va nomenar primer ministre Hixam Muhàmmad Qandil, que va formar un nou govern de 35 ministres a primers d'agost. Qandil és un tecnòcrata que ja havia estat ministre del Govern militar. Les prioritats del Govern són l'economia i la seguretat, en un país en crisi a causa de la reducció del turisme i de les inversions estrangeres, i de l'empitjorament del dèficit pressupostari.
A l'agost, sobtadament, el president Mursí va decidir anul·lar les decisions i el decret dels militars, i jubilar el mariscal Tantawí, i va nomenar nou ministre de Defensa el general Abd al-Fatà al-Sissí, cap dels serveis d'informació militar. La decisió no va ser aliena al fet que, a mitjan juliol, la secretària d'estat dels Estats Units, Hillary Clinton, s'entrevistés amb Mur
sí i amb Tantawí, i insistís en la necessitat d'arribar a un compromís per a facilitar la transició cap a un poder civil, comprometent ajut econòmic i la transformació del deute del país en crèdits per a un fons de desenvolupament d'empreses.
Aquests canvis es van produir en un context d'ofensiva militar contra elements terroristes acusats d'assassinar disset guàrdies fronterers egipcis a la península del Sinaí, a prop de la frontera amb Israel i Gaza, regió on es va agreujar la inestabilitat després de la caiguda de Mubàrak. Com a conseqüència d'aquest atac, Egipte va decidir tancar indefinidament el pas fronterer de Rafah amb Gaza. El dia 8 del mateix mes, l'exèrcit egipci va llançar una ofensiva, la més gran des de la guerra del 1973, que va matar vint activistes.
A primers d'octubre, el president Mursí va amnistiar totes les persones arrestades per donar suport a la revolució entre el 25 de gener de 2011 i el 3 de juny de 2012, a excepció dels delictes d'homicidi voluntari. Al juny, l'expresident Hosni Mubàrak va ser condemnat a cadena perpètua, acusat de ser responsable de la mort de no menys de 850 persones durant la revolta contra el seu règim. També va ser condemnat a la mateixa pena el seu ministre d'interior, Habib Ibrahim al-Adilí. Els dos fills de Mubàrak, Alaa i Gamal, van ser absolts, ja que el tribunal va considerar que els fets de corrupció dels quals se'ls acusava ja havien prescrit. Aquestes sentències van provocar grans protestes, per a denunciar que el clan Mubàrak encara té poder al país.
Al final de novembre, Mursí va aprovar un decret que declarava que totes les seves decisions són inapel·lables i definitives fins a l'entrada en vigor de la nova Constitució, i blindava, de fet, els seus poders presidencials, que acumulen tant l'executiu com el legislatiu. La decisió va generar immediatament el rebuig de les principals associacions de magistrats del país i, de nou, grans manifestacions a la plaça Tahrir.