La inestabilitat política va marcar l’any 2013. El 25 de gener es van iniciar disturbis en diverses ciutats egípcies, coincidint amb el segon aniversari de la revolta que va propiciar la caiguda de l’expresident egipci Hosni Mubàrak. Els enfrontaments entre forces de l’ordre i opositors al president Muhàmmad Mursí, líder dels Germans Musulmans i elegit al juny del 2012, van fer una desena de morts i centenars de ferits. El dia 26 es van produir a Port Saïd nous enfrontaments, amb una trentena de morts, després de l’anunci de la condemna a mort de 21 seguidors d’un club de futbol local per la seva implicació en els enfrontaments que van ocasionar 74 morts al febrer del 2012 després d’un partit contra un equip del Caire. El dia 27, enmig de la crisi, el president Mursí va decretar l’estat d’emergència per 30 dies en tres províncies del canal de Suez, i va cridar els dirigents de l’oposició a un diàleg nacional. Per la seva banda, l’oposició, reagrupada al voltant del Front de Salvació Nacional (FSN), va denunciar l’acumulació de poder del president –al novembre del 2012 es va dotar de poders excepcionals i va aconseguir l’aprovació, en un referèndum controvertit, d’un projecte de Constitució sostingut pels islamistes– i va reclamar una solució a la crisi per mitjà d’un govern de salvació nacional.
La crisi política es va agreujar al final de maig, quan el Tribunal Constitucional va invalidar el Senat –el qual havia assumit el poder legislatiu el 2012– i la Comissió constituent –que havia redactat el projecte de constitució adoptat al desembre del 2012– i es va anul·lar una part de la nova llei electoral, però Mursí va declarar que el Senat continuaria legislant en espera de noves eleccions legislatives, previstes per a l’octubre del 2013, i va afirmar que la Constitució era intocable.
Després de mesos de pressió sobre Mursí, el dia 2 de juliol l’exèrcit va enderrocar-lo i va prendre el poder. El cap de l’exèrcit, el general Abd al-Fatà al-Sissí, va anunciar que el president del Consell Constitucional, Adlí Mahmud Mansur, prenia la direcció del país i que se suspenia la Constitució, alhora que va detallar un full de ruta sobre la transició del país. Mansur va emetre una declaració que preveia una reforma de la Constitució, la futura convocatòria d’eleccions presidencials i l’ajornament de les eleccions legislatives fins l’any 2014, i va nomenar l’economista Hàzim Abd al-Aziz al-Bablawi primer ministre, i Muhàmmad al-Baradi, nou vicepresident, el qual va dimitir al cap d’unes setmanes en protesta per la repressió posterior dels seguidors de Mursí. A mitjan juliol, Al-Bablawi va formar un Govern de 35 ministres tecnòcrates i liberals, excloent els islamistes, i va nomenar viceprimer ministre i ministre de defensa el general Al-Sissí.
Mursí va ser detingut, així com nombrosos dirigents dels Germans Musulmans. Acusat de col·locar els seus partidaris en tots els càrrecs importants i de buscar instaurar un règim autoritari, Mursí va haver d’enfrontar-se durant el seu any de mandat a una protesta quasi permanent. Les manifestacions, que havien sacsejat el país demanant la seva dimissió, van provocar enfrontaments entre partidaris i detractors amb nombroses víctimes mortals, que es van intensificar a partir del cop d’estat. Les noves autoritats van decretar l’estat d’excepció i el toc de queda a la capital i a unes quantes províncies. El guia suprem dels Germans Musulmans, Muhàmmad Badí, i els seus adjunts, Muhàmmad Khairat Sad al-Xàtir i Raixat al-Bayumi, van ser detinguts preventivament i acusats d’incitació a la violència. Al final d’agost la justícia va ordenar l’alliberament de l’expresident Hosni Mubàrak, el qual va ser traslladat a un hospital militar del Caire en espera del judici per la mort de manifestants. El dia 1 de setembre, el president interí Mansur va anunciar que Mursí seria jutjat per respondre de la mort d’almenys set manifestants al desembre del 2012. Al cap de dos dies, el tribunal administratiu del Caire va ordenar el tancament d’Al-Jazira Egipte, de la cadena dels Germans Musulmans i de dues cadenes islamistes més. Al mateix temps, un tribunal militar va condemnar més de 50 membres dels Germans Musulmans a penes d’entre 5 i 10 anys de presó per la violència durant les manifestacions de l’agost.
La reacció internacional al cop d’estat va ser variada. A mitjan octubre els Estats Units van anunciar la suspensió d’1,3 mil milions de dòlars en ajuda militar a Egipte mentre les noves autoritats no fessin un progrés clar per convocar eleccions lliures. Al mateix temps, l’Aràbia Saudita va declarar la seva intenció d’incrementar l’ajut al nou Govern.
Respecte a les relacions exteriors, a mitjan març, el president Mursí va fer una gira pel sud d’Àsia. Al Pakistan, en la que va ser la primera visita d’un cap d’estat egipci des de Jamal Abd al-Nàsser els anys seixanta, va signar acords sobre promoció de les inversions i desenvolupament de les petites i mitjanes empreses (els intercanvis entre els dos països van superar els 380 milions de dòlars l’any 2012, un increment del 31% respecte al 2011). A l’Índia, va firmar acords comercials i d’inversions, especialment amb relació al projecte de desenvolupament de l’accés al canal de Suez, vital per a estimular l’economia nacional; els intercanvis comercials entre els dos països van ser de 5,5 mil milions de dòlars (2012), xifra que converteix l’Índia en el setè soci comercial d’Egipte. Finalment, al principi d’abril Mursí va visitar oficialment el Sudan, on es va trobar amb el seu homòleg islamista Umar al-Baixir. La visita de Mursí al Sudan va servir per a donar suport al president sudanès, sobre el qual pesen ordres de detenció del Tribunal Penal Internacional per genocidi a Darfur, però també per iniciar projectes agrícoles comuns i desenvolupar el turisme a la zona del mar Roig, tenint en compte que el Sudan és un soci important per a Egipte, sobretot en matèria agrícola i pel fet de compartir les aigües del Nil. Tanmateix, es van mantenir els problemes bilaterals no resolts, com la garantia als nacionals dels dos països de llibertat per a circular, residir, treballar i posseir béns al país veí, o el conflicte del Triangle de Halàïb, regió fronterera al mar Roig administrada per Egipte, però reivindicada igualment pel Sudan.