A mitjan gener va tenir lloc el referèndum de la nova Constitució després del cop d’estat del general Al-Sissí al juliol del 2013. El 98% dels votants van aprovar-la, però l’índex de participació va ser només del 38,6%, perquè els Germans Musulmans havien fet una crida al boicot. Aquesta nova Constitució, que reforça el poder de l’exèrcit i impedeix la islamització de la legislació, va reemplaçar l’adoptada al desembre del 2012, sota la presidència de Muhàmmad Mursí.
El referèndum va ser la primera etapa de la transició, a la qual va seguir la convocatòria d’eleccions legislatives. Al principi de març, es va formar un nou Govern amb Ibrahim Mahlab, antic membre destacat del Partit Nacional Democràtic, que va crear l’expresident Hosni Mubàrak, com a nou primer ministre, en substitució de Hàzim Abd al-Aziz al-Bablawi, que havia estat nomenat després de la destitució de Mursí. Aquest procés de transició es va fer en un marc de violència entre els partidaris de Mursí i les forces governamentals, cosa que sembla que va provocar la mort de més de mil seguidors dels Germans Musulmans en la repressió i milers de detencions. Així, al març, un tribunal va condemnar a mort més de 500 partidaris de l’expresident Mursí pels actes comesos a l’agost del 2013 en el decurs de les manifestacions en protesta per la seva destitució. Se’ls va acusar de pertànyer a una organització il·legal, d’incitació a la violència, de vandalisme i de participar en manifestacions il·legals. El veredicte va tancar un procés expeditiu marcat per les irregularitats i denunciat pels organismes de defensa dels drets humans i per bona part de la comunitat internacional. Un mes després, en un altre procés contra partidaris de Mursí, 700 persones més van ser condemnades a mort. Igualment, el nou règim també va prohibir el principal grup sorgit de la Primavera Àrab a Egipte, el Moviment 6 d’Abril.
Paral·lelament, al final de maig, es va conèixer la sentència en el judici contra l’expresident Hosni Mubàrak i els seus dos fills. Mubàrak, que encara està pendent de judici per la mort de manifestants durant la revolta del principi del 2011, va ser sentenciat a tres anys de presó per corrupció, a una multa de 22 milions de lliures egípcies i a l’obligació de retornar els diners que va desviar la seva família, calculats en 125 milions de lliures egípcies.
El general Abd al-Fatà al-Sissí va guanyar les eleccions presidencials del maig, amb un 96% dels vots, a l’únic adversari que s’hi va presentar, Hamdín Sabahí, que només va recollir el 3,8% dels sufragis. La participació va ser del 47% del cens electoral. Al cap de poques setmanes, el rei Abdul·là d’Aràbia Saudita va visitar Egipte per donar el seu suport al nou president. El nou Govern va ser nomenat al juny, amb el que ja era primer ministre, Ibrahim Mahlab, al capdavant.
A la violència entre Govern i partidaris de Mursí es va afegir l’acció de grups gihadistes a la península del Sinaí, entre els quals cal destacar un atac terrorista contra un grup de turistes sud-coreans que va ocasionar quatre morts i va ser reivindicat per Ansar Bayt al-Maqdis, grup que, al novembre, va jurar lleialtat a Abú Bakr al-Bagdadí, líder de l’autodenominat Estat Islàmic, que opera a Síria i l’Iraq. Al novembre, els atemptats també van colpejar el nord del país, contra una estació de trens, a Menuf, al nord del Caire, i als voltants del palau presidencial d’Heliòpolis. Segons fonts governamentals, els diversos atacs del terrorisme gihadista ja han ocasionat la mort de 500 persones, entre policies i soldats. En aquest clima, el turisme, la principal font d’ingressos de l’economia egípcia, va reduir-se a nivells mínims.