La situació econòmica d’Estònia va presentar algunes millores, i la Comissió Europea va calcular que el creixement del PNB seria de l’1,9% per al 2016, superior al de l’any anterior, i que per al 2017 podia arribar al 2,4%. Paral·lelament, l’atur es va mantenir en uns nivells assumibles, de prop del 7%.
Entretant, les autoritats estonianes van denunciar davant l’OTAN i la UE la seva situació d’inseguretat per la persistència de la violació de les aigües territorials al Bàltic per vaixells de guerra russos i pels darrers esdeveniments ocorreguts a Ucraïna. Com a conseqüència, l’Aliança Atlàntica i diversos països, especialment el Regne Unit, van augmentar la seva presència a la República bàltica.
Estònia va viure un debat intens sobre les seves opcions energètiques, perquè es va anunciar que al llarg del 2016 es tancarien les plantes hidroelèctriques de Narva, que pro veeixen el país del 95% de les seves necessitats energètiques. Des del Govern no es va presentar cap alternativa clara a la seva substitució, fet pel qual alguns observadors van apuntar que la nova política es dirigia cap a una futura dependència energètica de l’estranger.
Finalment, l’any 2016 Estònia va esdevenir la primera república exsoviètica a reconèixer drets legals a les parelles del mateix sexe.