L'any 2009 va ser testimoni de nous enfrontaments entre l'exèrcit filipí i diversos grups insurgents: el Front Moro d'Alliberament Islàmic (FMAI), que havia trencat el diàleg amb el Govern l'any anterior; el comunista Nou Exèrcit Popular de l'illa de Mindanao, onze membres del qual van perdre la vida en una ofensiva al mes de febrer; i el grup islamista Abu Sayyaf, autor del segrest de tres treballadors de la Creu Roja a principis d'any, els quals va alliberar abans de l'agost, després de notables pressions internacionals.
A més d'aquests enfrontaments, la política interior va estar protagonitzada per l'anunci de la creació d'una coalició de partits d'esquerra, la Coalició Patriòtica del Poble, per tal de concórrer a les eleccions presidencials del 2010. A aquest anunci es va afegir poc després la decisió de Benigno Noynoy Aquino de presentar-se sota les sigles del Partit Liberal. Per fer front a aquesta creixent oposició, el partit de la presidenta Macapagal Arroyo, que no es pot presentar a la reelecció, va anunciar cap a finals d'any la creació d'una candidatura conjunta amb altres partits. Malgrat aquestes diferències polítiques, tots els partits van mostrar el seu reconeixement a la mare de Benigno --i líder de la revolució popular que els anys vuitanta va posar fi al règim autoritari de Ferdinand Marcos-- Corazón Aquino, que va morir a l'agost.
Des del punt de vista econòmic, d'altra banda, les Filipines van enregistrar un creixement anual proper al 3% gràcies, en part, a les mesures del Govern, que va augmentar el dèficit públic fins al 3,2%. Aquestes mesures no van evitar, però, el creixement de l'atur, que va arribar fins al 8%, ni la caiguda de les exportacions. Les remeses dels emigrants, que constitueixen prop del 15% del PIB filipí, també es van veure afectades per la situació de crisi global.
Pel que fa a les catàstrofes naturals, els tifons Morakot, Ketsana i Parma van provocar centenars de morts i prop de 500.000 desplaçats als mesos d'agost, setembre i octubre.