L'any 2012 va presenciar un acord històric entre el Front Moro d'Alliberament Islàmic (MILF) i el Govern filipí. Els primers avenços es van produir al febrer, quan, durant una reunió a Kuala Lumpur, el MILF es va comprometre a abandonar el seu objectiu inicial d'independència i es va avenir a negociar una autonomia més àmplia. A l'abril, les negociacions a Malàisia van culminar amb l'aprovació d'un full de ruta per al procés de pau i la promesa del Govern d'establir una nova institució política en substitució de la Regió Autònoma del Mindanao Musulmà. D'altra banda, els enfrontaments esporàdics entre el Govern i les guerrilles comunistes rebels del Nou Exèrcit Popular, fundat el 1969 i present essencialment a les zones rurals, van produir diversos morts. Durant l'any, l'activitat del moviment separatista Abu Sayyaf a la província de Basilan també va acabar amb desenes de baixes, fet que va desencadenar les represàlies de les forces armades filipines, que van afirmar haver matat tres dels líders de la formació al febrer en una missió amb equipament nord-americà.
Pel que fa les relacions internacionals, les Filipines van mantenir un breu enfrontament amb la Xina amb relació a l'escull deshabitat de Scarborough, al nord de les disputades illes Spratly. A l'abril, el vaixell de guerra Gregorio del Pilar va protagonitzar un incident amb diversos vaixells de pesca xinesos que bloquejaven l'entrada a l'atol. Al juny, l'escalada diplomàtica es va aturar amb la retirada de les embarcacions, tot i que les Filipines va insistir que aquest fet no implicava l'abandó de les seves reclamacions sobre els illots i que qualsevol altra provocació seria duta davant del Tribunal Internacional del Dret del Mar.
Els desastres naturals es van succeir durant l'any, i l'efecte dels tifons i les pluges torrencials es van veure intensificats per l'alta desforestació que pateix el país. Així, al gener, el moviment de terres va provocar desenes de morts a la província de Mindanao. En aquest context, la Cambra de Representants i el Senat van aprovar al juny una llei per a establir un fons anual de 500 milions de pesos que permetria al Govern promoure projectes per a l'adaptació al canvi climàtic i sistemes de prevenció per als desastres naturals. En un altre ordre de les coses, l'administració de Benigno Aquino, que prioritzava la despesa social en educació i salut i les transferències condicionals als sectors més pobres, va impulsar millores en el sistema fiscal en termes d'eficiència. Aquestes mesures i la creixement inversió privada en les deficients infraestructures del país, però, no van poder evitar una recessió del 0,2% la primera meitat de l'any. El país arrossega una crònica dependència de les importacions energètiques i una constant fugida de mà d'obra filipina a l'exterior.
D'altra banda, la corrupció també va continuar planant sobre l'escena política. A l'abril, l'expresidenta Gloria Macapagal-Arroyo va ser considerada no culpable per càrrecs de corrupció pel contracte de telecomunicacions de 330 milions de dòlars signat amb l'empresa xinesa ZTE el 2007. Més endavant, el jutge del Tribunal Suprem va ser suspès pel Senat sota l'acusació de no haver declarat 2,4 milions d'euros que tenia en quatre bancs diferents.