La mort del president, João Bernardo Nino Vieira, en un atemptat el 2 de març, va provocar una crisi institucional greu que va amenaçar l’estabilitat de la petita república exportuguesa de l’Àfrica occidental. Nino Vieira va ser mort unes hores després de l’atac que havia costat la vida al cap de l’estat major de l’Exèrcit, el general Batista Tagmé Na Waie. Els dos personatges havien combatut contra els portuguesos durant la guerra colonial en el si del Partit Africà per la Independència de Guinea-Bissau i Cap Verd (PAIGC), però es van distanciar a partir del 1985, quan Nino Vieira, ja president, va empresonar Tagmé, acusat de preparar un cop d’estat. Uns quants anys després es van reconciliar, per tornar-se a distanciar posteriorment. Pel que fa a les morts, els analistes no van descartar que fossin obra d’algun sector de l’Exèrcit, en connivència amb el narcotràfic, que s’aprofita de la feblesa de l’Estat per convertir el país en un lloc de tràfic de drogues en el seu camí des de Sud-amèrica fins a Europa. Les diferències polítiques es van resoldre de nou amb les armes al juny, quan van ser morts l’exministre de Defensa Helder Proença i el candidat a les presidencials Baciro Dabo en una operació militar. Proença i Dabo estaven acusats de conspirar contra el Govern. Les morts no van ajornar les eleccions presidencials, celebrades al juny, en primera volta, i al juliol, en segona. En la consulta, Malam Bacai Sanha, del PAIGC, va obtenir el 63% dels vots mentre que Kumba Yala, del Partit de Renovació Social (PRS), el 36%. La participació va arribar al 61%. En la cerimònia d’investidura, Sanha, que havia estat president interí anteriorment (1999-2000), va prometre que les seves prioritats serien la reconciliació nacional, la reactivació d’una economia sota mínims i el restabliment dels serveis de l’Administració. Les ajudes externes aporten el 75% del pressupost.