A l’abril, la destitució del cap de les Forces Armades, el general José Zamora Induta, pel seu adjunt, el també general Antonio Indjai, va mostrar la feblesa del president, Malam Bacai Sanhá, que va haver d’acceptar al cap de dos mesos els fets consumats. El mateix dia de la destitució d’Induta, els militars van detenir el primer ministre, Carlos Gomes, alliberat al cap d’uns dies. La Unió Europea i els Estats Units van criticar molt la decisió de Bacai, i van suspendre la cooperació militar. El president, elegit al juliol del 2009 amb el 67% dels vots, va respondre amb un discurs en què demanava als militars que deixessin d’intervenir en política i denunciava la connivència d’alguns oficials amb el tràfic de drogues (dos generals, Ibrahima Papa Camara i José Bubo Na Tchuto, són acusats pel Govern dels Estats Units de narcotràfic). Per acabar amb les contínues intromissions dels militars en política, les delegacions de la Unió Africana (UA), la Comissió Econòmica d’Estats de l’Àfrica Occidental (CEDEAO) i la Comunitat de Països de Llengua Portuguesa (CPLP) van reclamar el desplegament d’una missió d’estabilització. Bacai també va defensar les reformes en l’exèrcit, per modernitzar-lo i reduir-ne els efectius en uns 1.500 homes.