Les tensions entre el cap de les Forces Armades, el general António Indjai, i el cap de la Marina, el també general José Bubo Na Tchuto, van amenaçar de desestabilitzar la presidència de Malam Bacai Sanha, elegit el 2009. Bubo Na Tchuto, acusat de narcotràfic pels Estats Units, va desafiar Indjai i el president en oposar-se a les reformes de l’exèrcit, que pretenien reduir-ne els efectius a 1.500 i passar a la reserva els membres més significats amb els negocis bruts. Bacai Sanha, que va passar temporades a Dakar, Senegal, per tractar-se una malaltia, també es va enfrontar a una oposició que reclamava la destitució del primer ministre, Carlos Gomes Júnior, a qui acusava de mala gestió. En el seu pla de reformes, el president va tenir el suport dels organismes internacionals, que el consideraven un polític moderat i de consens. L’economia va créixer el 4% gràcies a l’augment de la producció agrícola.