Un cop d’estat, encapçalat pel general António Indjai, va acabar el 12 d’abril amb el procés que havia d’elegir el president de la república. El cop es va perpetrar entre les dues voltes d’unes eleccions anticipades arran de la mort del president Malam Bacai Sanhá el 8 de gener en un hospital de París, on va ser traslladat perquè el tractessin d’una malaltia. El cop, un més en la història de l’excolònia portuguesa, va estar motivat pels bons resultats del candidat del Partit Africà per la Independència de Guinea-Bissau i Cap Verd (PAIGC), Carlos Gomes Júnior, que plantejava seguir endavant amb un pla de reformes de l’exèrcit. Gomes Júnior, primer ministre fins a la seva dimissió al febrer per a poder presentar-se a les eleccions, havia obtingut el 48% dels vots en la primera volta, celebrada el 18 de març. Kumba Yalá, del Partit per la Renovació Social (PRS), es va quedar amb el 23%. Si s’hagués celebrat la segona volta, segons els analistes polítics, Gomes Júnior, conegut com Cadogo, hauria derrotat a bastament Yalá. Els colpistes van detenir a Guinea-Bissau Gomes Júnior i el president interí, Raimundo Pereira, però es van veure obligats per pressions internacionals a deixar-los marxar a Costa d’Ivori. Condemnada per les Nacions Unides i la Comunitat Econòmica dels Estats de l’Àfrica Occidental (CEDEAO), la junta militar va haver de permetre al maig la formació d’una autoritat de transició, presidida per Manuel Serifdo Nhamadjo, i el desplegament d’una força pacificadora de la CEDEAO, l’organització regional. El cop no tan sols va interrompre el procés electoral sinó que també va alentir la reactivació econòmica i va frenar el combat contra el tràfic de drogues. Segons les Nacions Unides, el narcotràfic, en el qual estan implicats militars, ha augmentat. Guinea-Bissau és una important via de pas de la droga procedent d’Amèrica Llatina en el seu pas cap als mercats europeus.