Malgrat els acords de Conakry (Guinea), signats a l’octubre, el país no va superar la crisi institucional que viu des de l’agost del 2015, quan el president del país, José Mário Vaz, es va enfrontar a la seva formació, el Partit Africà per la Independència de Guinea-Bissau i Cap Verd (PAIGC). En aquella ocasió, Vaz va destituir el primer ministre, Domingos Simões Pereira, que va ser substituït per Baciro Djá, malvist pel PAIGC. Després dels acords de Conakry, aconseguits amb la mediació del president de Guinea, Alpha Condé, Vaz va nomenar de nou un primer ministre rebutjat pel PAIGC, Umaro Sissoco Embaló. Vaz va argumentar que els acords establien la designació per consens i que, com que no s’hi havia arribat, ell havia nomenat el primer ministre, encarregat de formar un govern inclusiu. Sissoco Embaló, format en Ciències Polítiques a Lisboa i a Madrid, havia estat conseller del president i de diversos exprimers ministres.
El "cas Bubo Na Tchuto", l’excap de la Marina que va demanar la seva reincorporació a les Forces Armades després de passar tres anys en presons dels Estats Units, condemnat per tràfic de drogues, va afectar la política del país. Na Tchuto va ser detingut l’abril del 2013 en aigües internacionals de Cap Verd per agents de l’Agència Antidroga nord-americana quan intentava negociar la venda d’un carregament de cocaïna.