Des que va encetar el seu mandat ara fa tres anys, el president Zelaya va afavorir un acostament al Govern d'Hugo Chávez, que li va proporcionar ajuda petroliera, i el 2008 Hondures es va incorporar a l'Alternativa Bolivariana para las Américas (ALBA), formada per Veneçuela, Bolívia, Cuba i Nicaragua. Amb l'augment dels recursos a mans del Govern, Zelaya va decretar un increment del salari mínim del 60% per guanyar-se una base popular. Aquest moviment en política exterior i el canvi en les aliances tradicionals, fins ara mantingudes amb els EUA, així com les polítiques populistes del Govern, van provocar una forta polarització política interna. En aquest context, el president Zelaya, que havia d'acabar el seu mandat al final del 2009, va intentar endegar una reforma constitucional que permetés la seva reelecció, i la pugna es va ampliar a altres escenaris institucionals. El clímax de la crisi es va produir al mes de juny, quan Zelaya va voler forçar un referèndum i va topar amb el Parlament i el Poder Judicial, que el consideraven un acte il·legal, i també amb les Forces Armades, que es van negar a proporcionar la logística per a fer la consulta. El resultat de l'enfrontament va acabar amb un cop d'estat, el 28 de juny, i la deportació de Zelaya a Costa Rica, mentre el Parlament va escollir com a president Roberto Micheletti. La comunitat internacional va denunciar aquesta sortida institucional i no va reconèixer el nou president. Després de diferents iniciatives diplomàtiques liderades per la OEA, es va acordar que el president de Costa Rica, Óscar Arias, facilités una mediació entre les parts. Les negociacions es van encallar durant uns quants mesos i fins que no es va acostar la data de les eleccions generals, previstes per al 29 de novembre, no es va arribar a un acord provisional sobre un govern d'unitat nacional que gestionés els comicis. Mentrestant, Micheletti va seguir com a president de facto i Zelaya va aconseguir entrar clandestinament al país per refugiar-se a l'ambaixada brasilera a Tegucigalpa. Al principi de novembre, la diplomàcia de Washington va arribar a un acord amb tots els candidats i va decidir avalar les eleccions a Hondures, encara que no s'havia retornat Zelaya a la presidència. Aquest es va sentir traït i va reclamar que ningú acceptés les eleccions, mentre que Micheletti va abandonar momentàniament la presidència dos dies abans dels comicis. Aquests, finalment es van dur a terme en un context tranquil i amb una notable participació del 60%. El guanyador va ser Porfirio Lobo, del Partit Nacional, amb un 56% els vots, seguit d'Elvin Santos, del Partit Liberal, amb un 38%. La situació va donar un tomb polític i en la comunitat internacional es va produir una divisió respecte al reconeixement del mandatari electe. Al principi, els més decidits van ser els EUA, Colòmbia, Costa Rica i Panamà, mentre que el Brasil i Veneçuela, seguits amb menys entusiasme per la Unió Europea, estaven en contra. Dos dies després de les eleccions hi va haver una sessió extraordinària del Parlament sortint, en la qual els diputats van votar en contra de la restitució de Zelaya a la presidència, donant per tancat el seu mandat, i van ratificar Micheletti per a presidir un govern d'unitat nacional fins la transferència de poders a Lobo.