Després de guanyar les eleccions del 29 de novembre de 2009, al final del mes de gener Porfirio Lobo va prendre possessió com a president i es va tancar el mandat de facto de Micheletti, que governava el país des de l’estiu anterior. Mentrestant, el president deposat pel cop d’estat, Manuel Zelaya, va marxar a la República Dominicana, on es va instal·lar en qualitat de convidat especial i no com a asilat polític. Així es va reconduir la crisi institucional, però per a recuperar la reconciliació nacional, l’estabilitat política i el reconeixement internacional de les noves autoritats caldrà més temps.
Un dels primers actes del president Lobo va ser decretar una amnistia política per a tots els involucrats en el cop d’estat, però al maig va establir una comissió d’investigació per aclarir els fets i, de pas, fer saber a la comunitat internacional que el seu Govern no està a favor de la impunitat. El senyal va ser captat pels Estats Units, que des de feia temps es mostraven partidaris del retorn d’Hondures a l’OEA, en contra de l’opinió majoritària dels països llatinoamericans. D’aquesta manera, a banda de reconèixer Lobo com a president, a partir de l’abril Washington va restablir l’ajut econòmic i militar a Hondures. Més endavant, a l’agost, Mèxic i Xile van fer el pas de reprendre relacions, i un informe de l’OEA va manifestar avenços favorables per al reconeixement internacional d’Hondures.
Respecte a la situació econòmica, al setembre el Govern va signar un acord amb l’FMI per finançar un pla d’estabilització per recuperar el creixement, que també va servir per a donar suport a la política del Govern i fer que els inversors estrangers recuperessin la confiança.