L’oposició frontal del Govern d’Orbán a les directives europees en matèria d’immigració i asil va continuar durant aquest any. La gestió de l’anomenada crisi dels refugiats va marcar tot l’any polític, especialment arran de la convocatòria d’un referèndum al mes d’octubre perquè els hongaresos donessin la seva opinió sobre el sistema de quotes de reassentament d’uns 160.000 refugiats entre tots els països de la UE en un termini de dos anys i que la Unió Europea va decidir el 2015. Aquesta consulta va ser impulsada pel primer ministre, Viktor Orbán, que es va oposar a l’aplicació d’aquest sistema a Hongria, portant-lo fins i tot a judici davant el Tribunal de Justícia de la Unió Europea, juntament amb el Govern d’Eslovàquia.
El resultat del referèndum va donar la victòria als defensors del rebuig al sistema de quotes, amb més del 98% dels vots emesos. La participació, però, no va arribar al 50% necessari per a ser considerat vàlid segons la llei electoral hongaresa. Tanmateix, el Govern d’Orbán va menystenir la baixa participació i va donar per bo el resultat, tot i que la mateixa Comissió Electoral hongaresa ja havia invalidat el referèndum.
Si s’apliqués el sistema de quotes proposat per la UE, Hongria hauria d’acollir uns 1.200 refugiats, però el Govern hongarès de moment no va admetre cap refugiat seguint aquest procediment de reassentament. Orbán es va convertir aquest 2016 en el principal opositor a la política europea d’acollida de refugiats impulsada per la Unió Europea i, especialment, per la cancellera alemanya, Angela Merkel. El Govern d’Orbán ja va decidir blindar la frontera del país amb Sèrbia i Croàcia l’any anterior construint-hi una tanca de centenars de quilòmetres, i preveu repetir l’experiència en la frontera amb Romania.
La promulgació de noves lleis antiimmigració va ser una constant durant l’any, entre les quals va destacar la que fa referència a l’augment de la condemna, de fins a cinc anys, per l’entrada irregular en el país, o el controvertit sistema de "devolucions en calent", que va ser obertament criticat per les Nacions Unides i diferents organismes internacionals.
Al mes de novembre el Parlament hongarès va rebutjar una proposta de reforma de la Constitució promulgada pel Govern d’Orbán que pretenia prohibir l’assentament de grups d’estrangers sense el permís de les autoritats competents. El rebuig va tenir el suport imprevist del partit d’ultradreta Jobbik, perquè va considerar poc enèrgica aquesta proposta.