Els comicis legislatius i presidencials van protagonitzar la vida política d'Indonèsia l'any 2009. La campanya electoral per les eleccions a la cambra de representants i el Consell Regional de Representats va començar al març i els comicis van tenir lloc el 9 d'abril. La Comissió Electoral General va atorgar la victòria al Partit Democràtic del president Susilo Bambang, que va obtenir el 26% dels escons. El seu triomf va ser interpretat pels analistes com el suport dels electors a la política de secularització portada a terme des del 2004 pel Partit Democràtic i un càstig als elevats índexs de corrupció de la resta de partits. En una línia molt semblant van ser avaluats els resultats de les eleccions presidencials que es van celebrar només tres mesos després, al juliol. Així, amb un extraordinari 60,8% dels vots, la Comissió Electoral General va proclamar guanyador el president sortint, Susilo Bambang.
El paper dels tribunals també va ser destacat al llarg de tot l'any. Al gener, el director del Servei Nacional d'Intel·ligència va ser acusat per la seva responsabilitat en l'assassinat d'un activista pro drets humans l'any 2004 i només alguns mesos més tard, al maig, el director de la Comissió per l'Eradicació de la Corrupció va seure al banc dels acusats per la seva participació en l'assassinat de Nasrudin Zulkarnain, director d'una empresa estatal. Els mitjans de comunicació van prestar molta atenció a aquests dos casos, com també al judici de quatre funcionaris del Banc Central d'Indonèsia, acusats de desviar 8 milions de dòlars per subornar parlamentaris indonesis, i a l'absolució dels càrrecs de corrupció al fill de l'expresident Suharto, Mandala Putra, per manca de proves. Igualment mediàtica va resultar la condemna a vuit anys de presó a un diputat per acceptar suborns de les autoritats de la província de Riau a canvi d'autoritzar la construcció d'una ciutat en una àrea de bosc protegida.
En l'àmbit de les relacions internacionals, l'esdeveniment més destacat va ser la visita al febrer de la secretària d'estat dels Estats Units, Hillary Clinton, en el transcurs de la qual va expressar l'interès de l'administració Obama per reforçar els vincles entre els dos països i el desig del president nord-americà de visitar el país. Aquest viatge va ser interpretat com un gest dels Estats Units a la comunitat musulmana després d'alguns anys de tensions.
En un altre ordre de coses, també cal esmentar nous atacs terroristes al districte financer de Jakarta. Al juliol, dues bombes col·locades als hotels Ritz-Carlton i JW Marriott van causar una desena de morts i nombrosos ferits. Fonts oficials van responsabilitzar dels atemptats de la capital el grup terrorista Tanzim Qaedat al-Gihad, liderat per Noordin Mohamed Top, un dels terroristes més buscats del Sud-est asiàtic, que va ser abatut a trets per l'exèrcit indonesi a l'agost.
Pel que fa a les catàstrofes naturals i els accidents, dos terratrèmols van causar mitja desena de morts i més de 14.000 desplaçats a la costa nord de la província de Papua de l'Oest al gener i un tercer va provocar entre 3.000 i 4.000 víctimes mortals i va deixar sense llar més de 450.000 persones a la costa oest de Sumatra al setembre. Aquest darrer terratrèmol va activar l'alarma de tsunami a tota la regió i el Govern indonesi va demanar ajuda internacional per a col·laborar en les tasques de rescat i auxili a la població. També van ser dramàtics l'enfonsament d'un ferri a principis d'any, que va causar la mort a més de 250 persones; el trencament d'una presa als afores de Jakarta al març, responsable de més d'un centenar de morts, i l'ensorrament d'una mina a Sumatra al juny, amb motiu del qual van perdre la vida una trentena de treballadors.