El 2011 va ser testimoni d’importants avenços en el procés contra els responsables dels atemptats terroristes de Bali de l’any 2002. Al juny, un tribunal del sud de Jakarta va condemnar a quinze anys de presó el clergue radical Abu Bakar Bashir, líder espiritual de la Jamaat al-Islamiya acusat d’haver incitat els atacs. Només un mes després, a l’agost, les autoritats del Pakistan van aprovar l’extradició a Indonèsia d’Umar Patek, capturat al principi d’any i sospitós de ser el responsable de la col·locació de les bombes que van desencadenar la catàstrofe. La gestió del Govern amb relació a aquesta extradició, la va celebrar bona part dels mitjans de comunicació, que també van aplaudir l’enviament de l’exèrcit a l’illa d’Ambon per posar fi als enfrontaments entre cristians i musulmans, que al setembre van causar la mort d’una desena de ciutadans. Amb menys entusiasme es va rebre la prohibició de l’activitat del grup minoritari musulmà Ahmadia per les autoritats de Java occidental i de Sulawesi sud, les quals van rebre també les crítiques de nombroses organitzacions no governamentals que van interpretar la decisió com un instrument per a la repressió. La persistència d’un notable nivell de conflictivitat al país no va impedir, però, que Indonèsia continués avançant en la reforma de l’estructura econòmica i que la taxa de creixement econòmic se situés al voltant del 6,5%, per sobre de les previsions inicials.
En l’àmbit de les relacions internacionals, Indonèsia va acollir la celebració d’importants cimeres regionals, com la divuitena cimera de l’ASEAN, que va culminar amb l’aprovació de l’ambiciosa estratègia 2022 ASEAN Community, o la cimera de l’Àsia oriental, que al novembre va coincidir amb la primera visita oficial del president dels Estats Units, Barack Obama, i va obrir les portes a la participació dels Estats Units i la Federació Russa. La projecció internacional del país també es va veure reforçada per la seva elecció com a membre del Consell de Drets Humans de les Nacions Unides, per les seves tasques de mediació en el conflicte fronterer entre Cambodja i Tailàndia, i per la signatura d’un acord bilateral amb Timor Oriental a l’agost en matèria de seguretat i defensa.