Al gener, el president indonesi Joko Widodo va obtenir el suport del segon partit del país, el Golkar, amb el 15% dels escons de la Cambra de Representants, i durant l’any, va atenuar les tensions internes en el seu partit, el centredretà Partit Democràtic Indonesi de la Lluita. En aquest context, al juliol, Widodo va realitzar un canvi en el seu executiu i va fer entrar dos partits en la coalició de govern, fet que li va garantir el suport de dos terços del Parlament per a poder implementar la seva agenda econòmica amb l’objectiu de millorar l’entorn empresarial i atreure més inversió estrangera. Així, l’executiu va impulsar fins a dotze paquets de reforma econòmica per a simplificar la reglamentació i oferir incentius fiscals a les empreses. Al setembre va cul minar una primera fase d’amnistia fiscal, per la qual el Govern va ingressar 7.500 milions de dòlars. Indonèsia va tancar l’any amb un creixement del 5%, lluny, però, del 7% previst. A més, el Govern va desplegar la legislació en matèria forestal per no repetir el desastre ecològic de l’octubre del 2015, quan diversos incendis van cremar 2,6 milions d’hectàrees i van sumir el país en una contaminació que va provocar milers de morts i fins a 500.000 persones afectades de malalties respiratòries.
Els avenços en l’agenda del Govern, però, es van veure acompanyats per una onada de casos de violència a càrrec de grups islamistes contra les minories del país, alhora que es va produir un degoteig d’atemptats terroristes islamistes. Això va danyar la reputació d’Indonèsia com a democràcia tolerant de majoria musulmana i va posar en dubte el discurs conciliador de Joko Widodo, ja que no va desenvolupar cap programa per a protegir les minories, va cedir a les propostes dels seus aliats islamistes i no va mostrar cap estratègia clara per a fer front a aquests grups propers a l’Estat Islàmic. Els serveis de seguretat van alertar del possible retorn de centenars d’indonesis que s’havien unit a les files de l’Estat Islàmic a Síria. En aquest context, al novembre, 100.000 persones es van manifestar a Jakarta contra el seu governador cristià, Basuki Tjahaja Purnama, Ahok, demanant la seva detenció per blasfèmia, ja que va acusar els oponents polítics d’utilitzar versos de l’Alcorà per a fins electoralistes. Finalment, Indonèsia va seguir aplicant la pena de mort per tràfic de drogues, amb 18 persones executades a la fi del 2016.
En matèria de relacions internacionals, va mantenir un difícil equilibri en els seus vincles amb la Xina, el seu principal soci comercial en l’exportació de matèries primeres, quant a la disputa per la sobirania de les illes Natuna, al nord de l’illa de Borneo. La tensió va arribar al seu màxim al juliol, quan Indonèsia va disparar a embarcacions xineses que pescaven en el que considera espai econòmic exclusiu en aquesta zona de la mar de la Xina Meridional.