Al mes de gener va tenir lloc una gran ofensiva militar terrestre israeliana contra Hamàs a la Franja de Gaza. Després que Nizar Rayan, un dels dirigents polítics de Hamàs, va ser assassinat amb onze membres de la seva família en un atac aeri contra el campament de refugiats de Jabaliya, Hamàs va instar a un "dia de fúria" que va mobilitzar milers de palestins de Cisjordània i Jerusalem oriental contra Israel. Després de l'ofensiva aèria que va començar al final del desembre del 2008, Israel va llançar l'ofensiva terrestre a Gaza, la segona fase de l'operació "Plom Endurit". Milers de soldats reforçats per columnes de tancs i helicòpters de combat van entrar a la Franja de Gaza i van provocar una autèntica catàstrofe. Malgrat els esforços internacionals per aturar l'ofensiva, les tropes israelianes van ocasionar la mort de 43 civils refugiats en una escola de Jabaliya tutelada per les Nacions Unides. El dia 8, el Consell de Seguretat de l'ONU va adoptar la Resolució 1860, en què demanava un alto el foc immediat, però va ser rebutjada per Israel i Hamàs. El dia 15, a la ciutat de Gaza, un bombardeig va destruir un magatzem de l'ONU, on 700 persones s'havien refugiat, l'hospital Al-Quds i un edifici dedicat a la premsa. Saïd Siam, ministre de l'Interior de Hamàs, va ser mort per un atac aeri a Gaza.
Finalment, el 17 de gener Israel va declarar un alto el foc unilateral i aplicable a partir del dia següent. Hamàs, per la seva banda, va anunciar una treva immediata d'una setmana. En suport de la fràgil treva, la cimera internacional celebrada a Xarm al-Xeikh, convocada pel president egipci Mubarak i a la qual van assistir cinc caps d'estat i de govern de la UE (Alemanya, Espanya, Itàlia, Gran Bretanya i la República Txeca), el secretari general de les Nacions Unides, Ban Ki-moon, el president palestí, Mahmud Abbàs, i líders àrabs, va demanar un alto el foc sostenible, l'aixecament del bloqueig de Gaza, la retirada de les forces israelianes i la fi del tràfic d'armes. El dia 20, l'exèrcit israelià va completar la seva retirada de Gaza. Més de 1.300 palestins van ser víctimes dels 22 dies de conflicte.
A mitjan setembre es va donar a conèixer l'informe del Consell de Drets Humans de les Nacions Unides sobre l'ofensiva israeliana a la Franja de Gaza entre el desembre del 2008 i el gener del 2009. L'informe acusava l'exèrcit d'Israel d'haver comès actes equivalents a crims de guerra i, fins i tot, crims contra la humanitat. Es van adreçar les mateixes acusacions contra militants palestins de Hamàs, responsables de disparar coets i morters al sud d'Israel amb la intenció de matar i ferir civils. Les autoritats israelianes i Hamàs van rebutjar l'informe.
D'altra banda, el dia 10 de gener es van celebrar eleccions legislatives a Israel. Dels 120 escons de la Knesset, el partit Kadima, encapçalat per la ministra de Relacions Exteriors, Tzipi Livni, en va obtenir 28, i el Likud, liderat per Benjamin Netanyahu, 27. El partit d'extrema dreta Yisrael Beitenu, d'Avigdor Lieberman, va obtenir 15 escons, 11 el partit religiós Shas i 5 Yahadut Hatorah. El partit laborista Avodah només va aconseguir 13 escons, el Meretz 3 i els 11 restants es van repartir entre els sionistes i el partit àrab. La taxa de participació va ser del 65,2%. El cap d'estat, Shimon Peres, va encarregar a Benjamin Netanyahu, exprimer ministre i líder del Likud, de formar un govern de coalició. Secundat per 65 diputats dels 120 al Parlament, gràcies al suport dels seus aliats d'extrema dreta hostils a la creació d'un Estat palestí, Netanyahu va intentar formar un gabinet d'unitat amb Ehud Barak (laborista) i Tzipi Livni (Kadima), que va declinar l'oferta a causa de les seves divergències sobre les negociacions amb els palestins.
El dia 31 de març, Netanyahu va ser investit primer ministre, després de llargues negociacions. El gabinet és format per trenta ministres --entre d'altres, el líder laborista Ehud Barak, ministre de Defensa, i Avigdor Lieberman, ministre de Relacions Exteriors-- i trenta-set viceministres.
Al mes de maig, Netanyahu va visitar els Estats Units. Les converses amb el president Obama van confirmar la divergència d'opinions entre els dos dirigents sobre la qüestió palestina i el programa nuclear iranià. De fet, Barack Obama va reafirmar el compromís del Govern dels EUA per la solució de dos estats (israelià i palestí) i va expressar el seu desig de reprendre el diàleg amb Teheran sobre el programa nuclear de l'Iran.
En un discurs a la Universitat Bar-Ilan de Tel-Aviv, al mes de juny, Benjamin Netanyahu va declarar que acceptava la creació d'un Estat palestí independent, i es va mostrar disposat a reprendre les converses de pau sota les següents condicions: el reconeixement de l'Estat jueu d'Israel pels dirigents palestins, la desmilitarització del futur estat, l'exclusió de qualsevol debat sobre el dret de retorn dels refugiats palestins i sobre la divisió de Jerusalem, el derrocament de Hamàs i el restabliment de l'ordre a la Franja de Gaza per l'Autoritat Palestina. El primer ministre també es va negar a congelar el creixement dels assentaments a Cisjordània --a primers de setembre, el Govern israelià va autoritzar la construcció de 455 nous habitatges a les colònies jueves de Cisjordània i Jerusalem Est--. Totes aquestes condicions van ser rebutjades pels palestins i criticades pels països àrabs
Palestina
Pel que fa als palestins, a finals de febrer i principis de març es va reprendre a la capital egípcia, el Caire, el diàleg interpalestí entre Hamàs i al-Fatah. Sota la mediació d'Egipte i amb el suport de la comunitat internacional, el diàleg aspirava a reconciliar les dues parts rivals i animar-les a formar un govern d'unitat nacional. Com un signe d'obertura en aquest sentit, el primer ministre palestí, Salam Fayyad, va presentar la dimissió del seu Govern, secundat per al-Fatah però no reconegut pels islamistes de Hamàs. El diàleg es va centrar en cinc temes: la creació d'un govern d'entesa, la reconciliació, la consolidació dels serveis de seguretat, la reorganització de l'OAP i la preparació de les eleccions legislatives i presidencials.
A mitjan maig es va formar un nou govern palestí encapçalat per Salam Fayyad i constituït per 23 ministres, però sense cap membre de Hamàs. Pocs dies després, Mahmud Abbàs va visitar els Estats Units i es va entrevistar amb Barack Obama, que va condemnar l'establiment d'assentaments jueus a Cisjordània i la violència antiisraeliana, però va reafirmar la intenció d'aconseguir una solució de dos estats en el conflicte araboisraelià.
Al començament d'agost, el moviment palestí al-Fatah va organitzar el seu sisè congrés a Betlem; l'últim s'havia celebrat a Tunis el 1989. Els 2.300 delegats havien de renovar 18 dels 23 llocs del Comitè Central, òrgan executiu del partit, i 80 membres del Consell Revolucionari, responsable d'establir les orientacions polítiques. Mahmud Abbàs, líder d'al-Fatah, president de l'Autoritat Palestina i l'únic candidat, va ser escollit per votació a mà alçada per un període de cinc anys. Després d'un acalorat debat, la generació palestina jove formada a l'interior dels territoris ocupats va obtenir 14 llocs al Comitè Central i va desplaçar la vella guàrdia històrica de l'exili que havia creat el partit al voltant de Iàsser Arafat, l'any 1959. Diverses figures emblemàtiques d'al-Fatah van entrar a la direcció, com Marwan Barghouti, secretari general del Partit a Cisjordània i empresonat de per vida a Israel des del 2002. Aquesta renovació enforteix la posició de Mahmud Abbàs amb relació a Israel i al capdavant d'al-Fatah. La plataforma política adoptada al Congrés va condicionar la represa de les negociacions amb Israel a la congelació dels assentaments a Cisjordània, l'alliberament dels presos polítics i l'aixecament del bloqueig de Gaza. Finalment, al començament de novembre, el president palestí va anunciar la convocatòria d'eleccions presidencials i legislatives per al gener del 2010.
A l'agost van esclatar els combats entre Hamàs i un grup islamista radical a Rafah, dins la Franja de Gaza. La policia de Hamàs va assaltar una mesquita on s'havien atrinxerat un centenar de membres d'Ansar Jund Al·lah (Soldats dels Companys d'Al·là), grup gihadista vinculat a al-Qaida. El seu líder, l'imam Abdul Latif Musa, va desafiar Hamàs durant les oracions del divendres en declarar Gaza Emirat Islàmic i demanant l'aplicació estricta de la llei islàmica. L'assalt va ocasionar 24 morts, inclosa la de sis policies, i 150 ferits. Abu Jibril Shimali, segons Israel un dels responsables del segrest del soldat francoisraelià Gilad Shalit, i director de les brigades Ezzedin al-Qassam, ala militar de Hamàs, va morir en la batalla. Abdul Latif Musa es va suïcidar fent esclatar el seu cinturó d'explosius. Arran de l'assalt, van ser detinguts 95 membres del grup gihadista.
Al final de juny, Israel va alliberar el president del Consell Legislatiu palestí després de tres anys de detenció a Israel. Aziz Duwaik va ser capturat a l'agost del 2006, juntament amb altres personalitats palestines pertanyents a Hamàs, en represàlia pel segrest del soldat francoisraelià Gilad Shalit, mantingut en captivitat per islamistes palestins des del 2006. Duwaik va demanar el diàleg i la reconciliació entre el moviment islamista Hamàs i al-Fatah. A primers d'octubre, per la mediació d'Alemanya i Egipte, Hamàs va acceptar lliurar un vídeo recent de Gilad Shalit a canvi de l'alliberament de 19 palestins empresonats a Israel; la proposta va ser acceptada pel gabinet de seguretat israelià.