L'any 2009 va estar marcat pels problemes del Partit Democràtic Liberal (PDL) i per l'arribada al Govern del Partit Democràtic de Japó (PDJ), que va posar fi a la llarga etapa de domini de l'anterior. Al gener, l'abandonament del PDL del veterà polític Yoshimi Watanabe, que va acusar el Govern de Taro Aso d'estar desconnectat de les necessitats dels japonesos, va fer sonar les alarmes dintre del partit. Simultàniament, la publicació d'un informe que posava de manifest que l'empresa minera d'Aso havia fet servir presoners de guerra durant la Segona Guerra Mundial va ser utilitzada per diversos membres de l'oposició per a demanar la dimissió del primer ministre. Aquesta situació es va veure agreujada poc després quan, arran de la dimissió del ministre de Finances, Shoichi Nakagawa, després d'haver comparegut en estat d'embriaguesa a la roda de premsa posterior a la cimera del G7, la imatge pública del Govern es va veure afectada seriosament. Només algunes setmanes després, la dimissió del ministre de l'Interior i de Comunicació per les seves diferències amb Aso sobre el manteniment del president de l'empresa japonesa de Correus al seu càrrec va posar novament de manifest la feblesa del Govern. La situació va empitjorar més amb el descobriment de nous casos de corrupció que van afectar tant el Govern com el principal partit de l'oposició, el PDJ. El president d'aquest últim va dimitir i va ser substituït per un dels seus homes de confiança, Yukio Hatoyama, però qui va sortir més perjudicat va ser el primer ministre. En aquest sentit, a les peticions de dimissió de l'oposició, s'hi van afegir veus del seu mateix partit, preocupades per la pèrdua de confiança dels ciutadans. Alguns dels seus companys van arribar fins i tot a demanar-li que deixés la direcció del partit, convoqués eleccions generals i renunciés a encapçalar la candidatura del PDL. El punt d'inflexió, no obstant això, va arribar amb la pèrdua de l'alcaldia de Tòquio en les eleccions municipals que al juliol van donar la victòria al PDJ. En pocs dies, una moció de censura a la cambra alta va posar en relleu la feblesa de la posició parlamentària del PDL, i el 21 de juliol el primer ministre va decidir dissoldre la cambra baixa i convocar eleccions generals.
Les eleccions es van celebrar el 30 d'agost i, amb una participació propera al 70%, van donar al PDJ una clara victòria. El partit de Yukio Hatoyama va obtenir 308 dels 480 escons de la cambra, mentre que el PDL només en va aconseguir 119 i el Nou Komeito, el seu soci parlamentari en la legislatura prèvia, un total de 21.
Amb relació a l'àmbit econòmic, l'any 2009 el Japó va patir la pitjor recessió des de la Segona Guerra Mundial. A principis d'any, el Govern d'Aso va presentar a les cambres un pla d'estímul econòmic com a complement al pressupost ordinari per fer front a la crisi financera internacional que va rebre les crítiques del principal partit de l'oposició, el PDJ. El Govern, però, va aconseguir la seva aprovació fent servir la seva majoria parlamentària a la cambra baixa. Malgrat aquests esforços, l'economia japonesa es va con-treure prop d'un 5% al llarg de l'any i l'atur es va situar al voltant del 6%. Algunes organitzacions internacionals, no obstant això, van augurar la recuperació de taxes de creixement positiu per a l'any 2010.
Pel que fa a les relacions internacionals del país, Aso i el president rus, Dmitri Medvédev, es van reunir al febrer al'illa de Sakhalin per tractar diversos aspectes de les relacions bilaterals, com ara la qüestió de la sobirania sobre les illes Kurils. Tots dos líders van destacar la necessitat d'arribar a un acord beneficiós per a ambdues parts. Com a prova d'aquesta voluntat, dos mesos després el primer ministre rus, Vladímir Putin, va visitar el Japó i va signar diferents acords energètics. Tot i això, el Parlament japonès va aprovar al mes de juliol la revisió de la llei que va insistir en l'autoritat política del Japó sobre les illes Kurils i que va instar a accelerar les negociacions per aconseguir-ne la plena sobirania. Les relacions del Japó amb els seus veïns de l'Àsia oriental tampoc no van ser del tot fàcils. A l'abril, l'enviament d'una ofrena floral del primer ministre Aso al santuari Yasukuni va ser objecte, una vegada més, del rebuig de Pequín i Seül. Més fàcils, però igualment delicades, van ser les relacions amb els Estats Units. Aso va ser el primer mandatari internacional a ser rebut per Barack Obama a la Casa Blanca després de la seva presa de possessió al mes de febrer, i Hillary Clinton va visitar el Japó en el seu primer viatge a l'estranger com a secretària d'estat dels Estats Units. Al novembre, però, la visita del president nord-americà al Japó va estar envoltada per la polèmica al voltant de la situació de la base militar dels Estats Units a Okinawa. Nombrosos ciutadans japonesos es van manifestar per demanar-ne el tancament, però els mandataris d'ambdós països van intentar rebaixar les tensions i es van mostrar predisposats a enfortir i millorar les relacions bilaterals.