Les dimensions catastròfiques del tsunami del març del 2011 es van fer paleses en un històric increment del deute sobirà japonès, calculat en un 200% del PIB. Si bé l'economia va mostrar els primers signes de recuperació el tercer trimestre de l'any, amb un creixement de l'1,5%, l'enorme dependència de les importacions de cru després de les restriccions a l'energia nuclear van incrementar el dèficit comercial a 2.490 bilions de iens. L'any 2012 va ser testimoni, doncs, de diversos intents de les institucions per a redreçar la situació econòmica. Al febrer, el Banc del Japó va anunciar canvis en la política monetària i va ampliar el seu programa de compra d'actius (entre els quals, el 25% dels bons de l'Estat), per tal de combatre la deflació. Per la seva banda, el Govern de Yoshihiko Noda va impulsar diverses retallades en l'administració, la privatització d'empreses públiques i va proposar un increment dels impostos del 5% al 10% en els béns del consum fins l'any 2015, amb l'objectiu de reformar el sistema de seguretat social, la sanitat i les pensions. Amb el Partit Liberal Demòcrata (PLD) controlant la cambra alta de la Dieta, però, el primer ministre necessitava el suport del principal partit de l'oposició. La proposta d'ampliació d'impostos també es topava amb un profund malestar no tan sols en la societat, sinó també en el mateix partit governamental, el Partit Democràtic de Japó (PDJ). A l'abril, el PDJ va escenificar la seva escissió quan l'històric líder Ichiro Ozawa, absolt de l'acusació d'irregularitats financeres, es va oposar a la mesura en el seu retorn a l'activitat política. Tot i la pressió dels sectors favorables a Ozawa, la proposta va ser finalment aprovada a la cambra baixa de la Dieta per 363 vots a 96. Els diversos canvis en el Govern davant la pressió de l'opinió pública i l'oposició havien permès fluïdificar les relacions amb el PLD i assegurar el seu suport final. El Parlament també va aprovar al maig una injecció de 1.000 bilions de iens per a evitar la fallida de la Tokio Electric Power Company, l'operadora de l'accidentada planta de Fukushima. Al cap d'un any de la catàstrofe, el debat sobre les plantes nuclears seguia ben viu.
L'any també va presenciar la segona aplicació de la pena de mort sota un govern del PDJ i l'arrest dels últims membres de la secta Aum Shinrikyo, responsable dels atemptats amb gas nerviós al metro de Tòquio de l'any 1995. La sensació d'estabilitat governamental, però, va durar poc i a l'octubre el país va presenciar el relleu ministerial més polèmic, quan Noda va destituir el ministre de Justícia, Keishu Tanaka, per presumptes vincles amb la màfia Yakuza. Al desembre, Noda va acceptar disoldre la Dieta després que el PLD donés el seu suport per a una reforma electoral que ha de modificar el pes del vot a les províncies i una llei crucial que ha de permetre emetre nous bons per finançar les activitats de l'Estat en l'actual exercici. L'any va acabar amb la dsfeta del PDJ davant del PCD, obtenint només 50 escons dels 300 que havia assolit tres anys abans. A conseqüència, Noda va presentar la seva dimissió com a president del PDJ.
L'any 2012 va ser testimoni d'un increment de les tensions amb la Xina i Taiwan per les illes Senkaku/Diaoyu, disputades des que el 1971 es van descobrir importants reserves de gas i petroli. Al juliol, el Govern nipó va afirmar que pretenia nacionalitzar l'arxipèlag, fet que va encendre les protestes a la Xina i Taiwan. Durant l'estiu es van succeir diverses visites d'embarcacions japoneses a les illes i Noda va oficialitzar-ne la compra al setembre per 2050 milions de iens. La resposta xinesa no es va fer esperar i va enviar dues embarcacions a 400 m de les illes, ja sota jurisdicció japonesa. Les tensions no van derivar en un enfrontament militar, però sí que van deteriorar les relacions diplomàtiques, ja prou malmeses quan al maig el primer secretari de l'ambaixada de la Xina a Tòquio havia estat acusat d'espionatge.
Pel que fa les relacions amb Rússia, al setembre, el primer ministre Noda i el president Vladímir Putin van acordar a la Cimera de Cooperació Econòmica Àsia Pacífic (Vladivostok) la reactivació de les negociacions viceministerials amb relació als Territoris del Nord i les illes Kurils del Sud. No obstant això, el bloqueig diplomàtic sobre el que el Japó considera uns territoris ocupats per Rússia no va acabar de desfer-se, ja que Noda va decidir cancel·lar, a últim moment, la visita a Moscou prevista per al desembre. Finalment, el Japó i els Estats Units van revisar el seu acord bilateral de seguretat del 2006 per tal de permetre, d'una banda, el trasllat de 9.000 dels 18.000 marines nord-americans d'Okinawa a la base de Guam, i, de l'altra, el restabliment de la resta d'efectius en una base lluny de les zones més densament poblades de l'illa. Ambdues parts van garantir que aquest gest no posava en perill la seva estreta cooperació en termes de seguretat.