El 13 d’abril de 2016 el Parlament kirguís va elegir, gairebé per unanimitat, Soronbai Djenbèkov nou primer ministre, en substitució de Temïr Sarïev, que havia dimitit dies abans. Malgrat formar una coalició aparentment sòlida al voltant del Partit Socialdemòcrata, el nou primer ministre va tenir problemes amb els seus aliats per a dur a terme reformes constitucionals. Finalment, al mes d’octubre va dissoldre el Govern i en va formar un de nou, anunciat el 3 de novembre i presidit per ell mateix, amb una nova coalició. Les reformes proposades, que permetien al president Atambàiev prolongar el seu mandat més enllà del 2017, van ser aprovades en referèndum l’11 de desembre amb el 84% dels vots, malgrat una minsa participació de tan sols el 42%.
D’altra banda, les relacions amb el veí Uzbekistan, enverinades tradicionalment per disputes frontereres, van viure moments de tensió, amb l’entrada d’oficials uzbeks en territori disputat i l’empresonament de civils kirguisos. Més tard, al setembre, la tensió va minvar, i fins i tot es van reprendre les converses bilaterals per a trobar solucions als conflictes entre els dos països.
Un dels problemes que es va mantenir vigent al país va ser el dels ciutadans que s’uneixen a forces extremistes. Així, mentre que es van seguir perseguint els grups extremistes a l’interior, el Govern va reconèixer que hi ha uns 600 kirguisos units al Daeix i altres grups violents a l’Orient Mitjà.