La convocatòria de fins a tres eleccions generals anticipades en menys d’un any va marcar tota l’actualitat política del país i va posar fi a més de dos anys de crisi política oberta arran de l’escàndol, descobert el 2015, de les escoltes telefòniques il·legals a ciutadans macedonis, incloent-hi polítics, jutges i periodistes, que implicava directament el llavors primer ministre Nikola Gruevski.
Al mes de desembre, finalment es van celebrar eleccions anticipades, després de les eleccions fallides del mes d’abril i juny, en què el boicot de la Unió Socialdemòcrata de Macedònia (SDSM) va impedir-ne la celebració. Tot es va iniciar amb el compliment dels acords de Pržino, que van suposar la renúncia del primer ministre Gruevski, al mes de gener del 2016, el qual va ser substituït temporalment per Emil Dimitriev. Aquests acords, en què la Unió Europa va tenir un paper de mediador entre les parts enfrontades perquè els acordessin, van permetre resoldre una profunda crisi política i social que enfrontava el partit en el Govern amb el principal partit de l’oposició, l’SDSM, liderat per Zoran Zaev. Els resultats de les eleccions del desembre van donar com a guanyadora l’Organització Revolucionària Interior Macedònia – Partit Democràtic per la Unitat Nacional de Macedònia (VMRO-DPMNE), de l’exprimer ministre Gruevski, que va obtenir 51 escons sobre un total de 120. L’SDSM va obtenir-ne 49. Tanmateix, la Comissió Electoral de Macedònia va anul·lar els resultats electorals en un centre de votació, fet que suposarà la repetició de la votació en aquest districte. Segons els resultats, i tenint en compte l’estret marge de la victòria del VMRO-DPMNE, es podria modificar la composició del nou Parlament i, per tant, les aliances per a formar govern.
El procés de negociacions en què està immersa Macedònia per a formar part de la Unió Europea, l’OTAN i les Nacions Unides va patir un fort entrebanc aquest any a conseqüència de la paràlisi política del país. Un any més, la negativa del Govern grec a l’entrada de Macedònia dins la UE va continuar sent la raó principal del bloqueig en les negociacions d’adhesió amb el Govern macedoni, arran de la disputa que els dos països mantenen per l’ús de Macedònia com a nom oficial del país. La Comissió Europea, de nou, va reclamar una solució a aquesta qüestió. A més, al novembre, la mateixa Comissió va emetre un dur informe en què advertia Macedònia que havia de continuar aplicant el paquet de reformes estructurals que el Govern macedoni s’havia compromès a impulsar seguint les recomanacions de la mateixa Comissió, després que s’obrissin negociacions formals per a l’adhesió el 2009. Especialment crítics van ser amb les reformes de l’Administració pública, el sistema judicial i la lluita contra la corrupció, perquè no han complert les expectatives pactades.
Malgrat la inestabilitat política, l’economia de Macedònia no va patir excessivament durant aquest 2016, i per quart any consecutiu va créixer a un ritme superior que el de molts altres països europeus, especialment gràcies a l’augment de la inversió estrangera i a un lleuger augment de la demanda interna. Malauradament, l’atur es va mantenir com el principal punt dèbil, així com l’augment del deute públic i la poca diversificació de l’economia.
La crisi de refugiats que va continuar afectant gran part d’Europa també hi va ser molt present durant l’any, especialment en el primer trimestre, ja que Macedònia és un dels països de trànsit principals dels milers de refugiats i migrants que creuen els Balcans en direcció a Alemanya i Àustria. La gestió de la crisi generada al camp de refugiats d’Idomeni, conjuntament amb Grècia, va ser fortament criticada pels organismes internacionals.