Les diferències personals entre Andry Rajoelina i Marc Ravalomanana van impedir l'aplicació dels acords de Maputo (Moçambic) i Addis Abeba (Etiòpia) per a la formació d'un Govern d'unitat entre els quatre corrents polítics implicats en la crisi institucional que vivia el país des del principi d'any. Ravalomanana, reelegit com a president al desembre del 2006, va ser forçat a dimitir el 17 de març per les protestes dels seguidors de l'alcalde d'Antananarivo, Andry Rajoelina, que paralitzaven l'illa des del desembre del 2008. Ravalomanana va cedir el poder als militars, que el van lliurar a Rajoelina. Una decisió que va ser contestada tant per la Comunitat de Desenvolupament de l'Àfrica Austral (SADC) com pels partidaris de Ravalomanana, que van organitzar manifestacions en contra. Aïllat internacionalment, perquè els Estats Units i la Unió Europea també van denunciar el nou règim, Rajoelina va haver d'acceptar la mediació de l'enviat de la SADC, l'expresident moçambiquès Joaquim Chissano. En les reunions celebrades a Maputo i a Addis Abeba, Rajoelina, Ravalomanana i els expresidents Albert Zafy i Didier Ratsiraka van acordar la formació d'un Govern d'unitat paritari i que Rajoelina es mantingués com a president interí fins a les eleccions, previstes per al final del 2010. En el Govern de transició, cadascuna de les quatre parts ocupava sis carteres presidencials. Els disturbis violents, sobretot els dels mes de gener a la capital, i la crisi institucional van perjudicar greument l'economia, que els darrers anys havia presentat un creixement espectacular, de més del 7%. El PNUD va estimar que el creixement seria negatiu, tot i que les previsions abans de la crisi fixaven un augment del PIB del 7,5%. El turisme va baixar més del 50%, mentre que l'activitat minera (cobalt i níquel) es va mantenir.