El país va continuar immers en una profun da crisi política, oberta d’ençà que el primer ministre, Najib Razak, es va veure esquitxat per un escàndol de malversació a gran escala dels fons de 1Malaysia Development Berhad (1MDB), a mitjan 2015. Najib va negar les acusacions i va prendre nombroses mesures per a silenciar els seus crítics, ja que va destituir el seu viceprimer ministre i el fiscal general, a banda de suspendre diversos mitjans de comunicació. La pressió internacional es va intensificar a partir del juliol, quan les autoritats nord-americanes van iniciar una ofensiva judicial per a recuperar els 1.000 milions de dòlars desviats a comptes personals de Najib a Hong Kong, els Estats Units i Suïssa. Al novembre, desenes de milers de persones van participar en una multitudinària manifestació contra el mandatari, que va tenir la participació de l’històric exprimer ministre Mahathir Mohammad, que, al setembre, va fundar el Partit dels Malais Indígenes Units per a atreure el votant tradicional de l’Organització Nacional Malaia Unida (ONMU), la majoria d’ètnia malaia. L’oposició, molt desunida, també va començar a fer esforços de reagrupament i consolidació.
El 2016 va estar marcat pel primer atemptat de l’Estat Islàmic a Malàisia, amb un atac en un club nocturn que va provocar 8 ferits. Per a contrarestar el creixent temor de nous atemptats i el possible retorn de centenars de malaisis que havien viatjat a l’Iraq i Síria per a lluitar a les files de l’Estat Islàmic, al novembre, el Govern va impulsar una nova unitat antiterrorista.
L’economia malàisia es va veure afectada per l’encara dèbil demanda global i, per segon any consecutiu, van caure el volum i el preu de les exportacions d’hidrocarburs i manufactures. Després d’una baixada inesperada dels tipus d’interès al juliol, la moneda nacional, el ringgit, es va anar afeblint, especialment després de la victòria de Donald Trump en les eleccions presidencials dels EUA, quan el seu valor va caure un 5%. Amb la incertesa que s’obria en les relacions comercials amb Occident, Malàisia va decidir enfortir els seus vincles amb la Xina, imitant l’estratègia d’altres països de l’ASEAN. Així, es va tancar un acord d’inversió amb la Xina de 33.000 milions de dòlars. Malàisia va acabar mantenint un creixement moderat del 4,1%.