L'any 2009 va començar amb la ruptura de les relacions polítiques i econòmiques amb Israel com a resultat de l'ofensiva sobre Gaza. Aquest fet és significatiu si es té en compte que era un dels pocs països àrabs que mantenia relacions diplomàtiques amb Israel. El 6 de març el ministre d'Afers Estrangers d'Israel va anunciar el tancament de l'ambaixada a Nouakchott poc després que el Govern maurità hagués retirat el seu ambaixador i expulsat l'israelià.
Igualment important va ser la decisió del Consell de Pau i de Seguretat de la Unió Africana (UA) d'aixecar totes les sancions imposades a Mauritània després del cop d'estat de l'agost del 2008, encapçalat pel general Mohammed Ould Abdelaziz, que havia deposat el president electe, Sidi Ould Cheikh Abdallahi. El 26 de juny el president del Senegal, Abdoulaye Wade va actuar com a mediador de la crisi i va arribar a un acord, conegut com a pacte de Dakar, que garantia la celebració d'eleccions presidencials a Mauritània el 18 de juliol.
Aquests comicis van donar com a vencedor el general colpista Mohammed Ould Abdelaziz, un resultat esperat per tothom. El que no es preveia, però, és que arribés a la majoria absoluta (52,55% dels sufragis) en la primera volta, la qual cosa li permeté ser designat sense haver de passar per la segona volta. Un cop coneguts els resultats, els quatre principals candidats de l'oposició van reclamar una investigació internacional i van qualificar l'escrutini com una paròdia que només buscava legitimació del cop d'estat.
La immigració irregular va continuar essent un tema clau, sobretot pel que fa a les relacions entre Mauritània i els països europeus. Amnistia Internacional va denunciar, a l'estiu, la pràctica de detencions il·legals i expulsions col·lectives d'immigrants subsaharians per la pressió de la Unió Europea i, més concretament, d'Espanya. Les estretes relacions entre els dos països en aquest i altres camps van formar part de l'agenda de la visita de Miguel Ángel Moratinos, el 5 de setembre, seguida del desplaçament del president maurità, Mohammed Ould Abdelaziz, el 28 d'octubre a Espanya, on es va reunir amb José Luis Rodríguez Zapatero.
L'any va finalitzar marcat per l'activitat d'al-Qaida. El 25 de novembre el francès Pierre Cammatte va ser capturat a Menaka, al nord de Mali, i tres cooperants catalans van ser segrestats mentre circulaven per la carretera que uneix Nouakchott i Nouadhibou. La branca magribí d'al-Qaida (AQMI) va reivindicar l'autoria d'aquestes accions.