Paral·lelament a les converses de pau, que es van celebrar a Maputo des del maig, els combats entre les forces de la Resistència Nacional de Moçambic (RENAMO), el principal partit opositor, i el Govern, en mans del FRELIMO des de la independència, van seguir molt actius, sobretot a les províncies de Manica i Sofala, al centre del país. A causa dels combats, milers de persones van haver de desplaçar-se o refugiar-se a Malawi. Un dels membres de la delegació de la RENAMO en les converses, Jeremias Pondeca, va ser assassinat en un carrer de la capital, a l’octubre. Una mort que es va afegir a les d’altres dirigents regionals, tant de la RENAMO com del FRELIMO, abatuts a trets. Al seu feu de Gorongosa, al centre del país, el líder de la RENAMO, Afonso Dhlakama, va responsabilitzar el FRELIMO de la violència per no acceptar compartir el poder. Els enfrontaments van amenaçar l’estabilitat i van comprometre les inversions en un moment en què el Fons Monetari Internacional (FMI) i el Banc Mundial (BM) van suspendre les ajudes en fer-se públic que hi havia mil milions de dòlars nord-americans de deute que no figuraven en les estadístiques oficials. El deute es va situar quasi al 100% del PIB, mentre que la divisa nacional, el metical, va perdre valor enfront del dòlar.